Re: [Nemo-cyclone-users] Problemes avec Cyclone

[Ludovic C. <co...@bi...>]

Ok, mais pour maintenant j'essaierai ca a la rentree (je m'en vais dans=20
quelques instants). Je t'envoie tout ca a la rentree.

Ludovic


On Friday 28 July 2006 14:46, Cyclone Support wrote:
> Ludovic,
>
> Donc ce bug est du a un probleme de non respect du standart lisp dans
> pathway-tools/biocyc. et donc quand cyclone cherche a introspecter les
> slots de l'instance il n'y arrive pas. Il attend un slot de type string
> et recoit un slot de type array.
>
> Le plus simple en premiere approche est que tu m'envoie la frame en
> question <ENZRXN2AA-227>.
> peux-tu ouvrir le fichier ocelot et rechercher le paragraphe qui
> correspond a cette frame et me l'envoyer.
>
> par ailleurs, est ce que tu as mis en arguments seulement les 2 autres
> organismes et est ce que cyclone a =E9t=E9 au bout?
>
> sinon sur sourceforge, tu trouveras la derniere release de cyclone avec
> le correctif entre sur le mot cl=E9 schema.
>
> Maintenant, que l'email cyclone est bien parametrer, je te repondrai au
> plus vite.
> merci pour tout tes commentaires.
> Merci pour ta patience,
>
> Francois
>
> >Bonjour,
> >
> >J'ai essaye ce qui suit :
> >>          o pour etre compatible avec Biocyc 10.0, il faut:
> >>                + relancer la procedure qui cr=E9e le schema biocyc.xsd
> >>                      # Fonction: Biocyc2Xsd.createXsd(organisms,max)
> >>                            * organims la liste des organismes que tu
> >>                              souhaiteras mettre dans cyclone
> >>                            * max 1000000 : profondeur d'introspection
> >>                              des frames
> >>                      # exemple dans tutorial1
> >>                      # Resultat un nouveau schema xsd, dans le dossier
> >>                        Cyclone/schema
> >
> >mais au bout du troisieme organisme, il me renvoie cette erreur (je n'ai
> > copie que 2 lignes avant le message d'erreur) :
> >
> >
> >------------------------------------------------------------------------=
=2D-
> >------------------------------------------------------------------------=
=2D-
> >----------------------------------------------------------------------
> > 2006-07-17 18:55:25,017 DEBUG
> >[fr.cns.genoscope.nemo.cyclone.biocyc.ontologycreation.JavacycFrameOntol=
og
> >yExplorer] - <extractFrameOntology(int) - Screening
> > baphaps	myClass=3D|Enzymatic-Reactions| 11:377>
> >2006-07-17 18:55:25,018 DEBUG
> >[fr.cns.genoscope.nemo.cyclone.biocyc.ontologycreation.JavacycFrameOntol=
og
> >yExplorer] - <extractFrameOntology(int) - myLog=3D2738	ENZRXN2AA-227>
> >Exception in thread "main" java.lang.ClassCastException:
> > java.util.ArrayList at
> >fr.cns.genoscope.nemo.hypercyc.connection.JavacycPlus.getFrameComments(J=
av
> >acycPlus.java:419) at
> >fr.cns.genoscope.nemo.hypercyc.connection.JavacycPlus.getSlotValues(Java=
cy
> >cPlus.java:151) at
> >fr.cns.genoscope.nemo.cyclone.biocyc.ontologycreation.JavacycFrameOntolo=
gy
> >Explorer.processAsInstanceSlot(JavacycFrameOntologyExplorer.java:311) at
> >fr.cns.genoscope.nemo.cyclone.biocyc.ontologycreation.JavacycFrameOntolo=
gy
> >Explorer.processAsInstance(JavacycFrameOntologyExplorer.java:279) at
> >fr.cns.genoscope.nemo.cyclone.biocyc.ontologycreation.JavacycFrameOntolo=
gy
> >Explorer.processInstances(JavacycFrameOntologyExplorer.java:268) at
> >fr.cns.genoscope.nemo.cyclone.biocyc.ontologycreation.JavacycFrameOntolo=
gy
> >Explorer.processAsClass(JavacycFrameOntologyExplorer.java:232) at
> >fr.cns.genoscope.nemo.cyclone.biocyc.ontologycreation.JavacycFrameOntolo=
gy
> >Explorer.processClasses(JavacycFrameOntologyExplorer.java:193) at
> >fr.cns.genoscope.nemo.cyclone.biocyc.ontologycreation.JavacycFrameOntolo=
gy
> >Explorer.processAsOrgcyc(JavacycFrameOntologyExplorer.java:175) at
> >fr.cns.genoscope.nemo.cyclone.biocyc.ontologycreation.JavacycFrameOntolo=
gy
> >Explorer.processOrgcycs(JavacycFrameOntologyExplorer.java:157) at
> >fr.cns.genoscope.nemo.cyclone.biocyc.ontologycreation.JavacycFrameOntolo=
gy
> >Explorer.extractFrameOntology(JavacycFrameOntologyExplorer.java:111) at
> >fr.cns.genoscope.nemo.cyclone.application.Biocyc2Xsd.createXsd(Biocyc2Xs=
d.
> >java:107) at baobab.createBaobabXsd.main(createBaobabXsd.java:16)
> >------------------------------------------------------------------------=
=2D-
> >------------------------------------------------------------------------=
=2D-
> >----------------------------------------------------------------------
> >
> >Avez vous une idee de ce a quoi ca peut etre du ?
> >
> >Notes :
> >- baobab.createBaobabXsd reprend juste l'exemple 1 du tutorial avec comme
> >arguments la liste de mes organismes
> >- baphaps est une des pgdbs que j'ai reconstruite.
> >
> >
> >Cordialement,
> >LC

=2D-=20
=2D--
Ludovic COTTRET
Phd student

BAOBAB Team (http://biomserv.univ-lyon1.fr/baobab)
UMR 5558 Biom=E9trie et Biologie =C9volutive
Universit=E9 Claude Bernard, Lyon I
43, Bd du 11 novembre 1918
69622 Villeurbanne cedex
=46rance