Re: [Cdk-user] SDF Problem

[Rajarshi G. <raj...@gm...>]

If I remember correctly, that column is for atom stereo information -
I don't think the CDK supports this properly yet, hence it doesn't
include it in the output.

On Sat, Dec 17, 2011 at 7:24 PM, lochana menikarachchi
<loc...@ya...> wrote:
>
> I have noticed either cdk MDLV2000 reader or sdf writer looses some
> information in the sdf file. (column 7) This breaks compatibility with other
> programs that rely on this information. Both oechem and marvin keep all
> information in sdf. Is there anyway to solve this. Is it a limitation in the
> CDK??
>
> Ex: A part from a sdf file downloaded from pubchem
>
>  5701990
>   -OEChem-12131111192D
>
>  57 60  0     1  0  0  0  0  0999 V2000
>     8.6500    1.4952    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>     2.0000   -2.8124    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>    10.2963    0.9572    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>     7.3931   -0.7600    0.0000 C   0  0  3  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>     7.3931    0.2400    0.0000 C   0  0  2  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>     6.5271   -1.2600    0.0000 C   0  0  3  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>     5.6610   -0.7600    0.0000 C   0  0  3  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>     4.7510   -1.2669    0.0000 C   0  0  2  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>     6.5271    0.7400    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>     5.6610    0.2400    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>     8.3393    0.5447    0.0000 C   0  0  2  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>     8.3393   -1.0648    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>
> CDK generated
>
> 5701990
>   CDK     1217111900
>
>  57 60  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
>     8.6500    1.4952    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>     2.0000   -2.8124    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>    10.2963    0.9572    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>     7.3931   -0.7600    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>     7.3931    0.2400    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>     6.5271   -1.2600    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>     5.6610   -0.7600    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>     4.7510   -1.2669    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>     6.5271    0.7400    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>     5.6610    0.2400    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>     8.3393    0.5447    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>     8.3393   -1.0648    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
>
> ------------------------------------------------------------------------------
> Learn Windows Azure Live!  Tuesday, Dec 13, 2011
> Microsoft is holding a special Learn Windows Azure training event for
> developers. It will provide a great way to learn Windows Azure and what it
> provides. You can attend the event by watching it streamed LIVE online.
> Learn more at http://p.sf.net/sfu/ms-windowsazure
> _______________________________________________
> Cdk-user mailing list
> Cdk...@li...
> https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/cdk-user
>



-- 
Rajarshi Guha
NIH Chemical Genomics Center