Re: [Vle-devel] Propositions patchs rvle1.0

[Gauthier Q. <gau...@to...>]

Hello,

On 03/04/2012 17:08, Ronan Trépos wrote:
> (re) bonjour à tous,
>
> Le 02/04/2012 18:45, Gauthier Quesnel a écrit :
>> On Wednesday 28 March 2012 à 12:35:24PM, Ronan Trépos wrote:
>>> Bonjour à tous,
>> Bonsoir,
>>
>>> j'ai continué à travailler sur rvle et je propose 8 patchs pour
>>> l'intégration dans la prochaine release de vle 1.0. Je suis allé moins
>>> loin que je l'espérais, on en garde un peu pour vle 1.1. C'est donc
>>> sur le sourceforge  de vle à trepos-rvle/stable
>>>
>>> Les grandes lignes:
>>> - compatibilité R 2.14
>>> - documentation
>>> - output plugin manipulable dans la couche objet
>>>
>>> Normalement l'API est restée stable mais certaines fonctions sont
>>> "deprecated"
>>>
>>> A noter qu'actuellement, et en prévision d'un passage sur vle1.1,  les
>>> tests unitaires sont basés sur un vpz global et sur un modèle equation
>>> differentielles.
>>> J'ai complété ces tests unitaires par un paquet test_port (
>>> trepos-test_port/master) en vue de vle1.1 (donc non basé sur les
>>> extensions),
>>> il faudra alors voir comment l'intégrer au paquet rvle.
>> Je viens de regarder les patchs, ils me semblent très biens. Je note
>> juste que le R CMD check rvle ne fonctionne plus :
>>
>>     * checking for portable compilation flags in Makevars ... OK
>>     * checking for portable use of $(BLAS_LIBS) and $(LAPACK_LIBS) ... OK
>>     * checking compiled code ... NOTE
>>     File ‘/pub/git/vle/rvle.Rcheck/rvle/libs/rvle.so’:
>>       Found ‘__assert_fail’, possibly from ‘assert’ (C)
>>         Objects: ‘convert.o’, ‘rvle.o’
>>
>>     Compiled code should not call functions which might terminate R nor
>>     write to stdout/stderr instead of to the console.
>>
>>     See ‘Writing portable packages’ in the ‘Writing R Extensions’ manual.
>>     * checking examples ... ERROR
>>     Running examples in ‘rvle-Ex.R’ failed
>>     The error most likely occurred in:
>>
>>     >   ### Name: results
>>     >   ### Title: Gives the results of the last simulation process
>>     >   ### Aliases: results results-methods results,Rvle-method
>>     >
>>     >   ### ** Examples
>>     >
>>     >
>>     >         # Assumptions :
>>     >         # - there is a vle package named "mypkg"
>>     >         # - this package contains a vpz file named "myvpz"
>>     >         # - the vpz "myvpz" contains only one view named "myview"
>>     >         # - the view "myview" contains a column "MyModel:MyDyn.myPort"
>>     >         # - the view "myview" contains at least 10 lines
>>     >
>>     >
>>     >         # Building the Rvle object
>>     >
>>     >         f = new("Rvle",file = "myvpz", pkg = "mypkg")
>>     I/O warning : failed to load external entity "/home/gquesnel/.vle/pkgs/mypkg/exp/myvpz"
>>     I/O warning : failed to load external entity "/home/gquesnel/.vle/pkgs/mypkg/exp/myvpz"
>>     Error in rvle.open(.Object@file, .Object@pkg) :
>>       RVLE: unable to open myvpz from package mypkg
>>     Calls: new ... initialize ->   initialize ->   .local ->   rvle.open ->   .Call
>>     Execution halted
>>
>>
>> D'après ce que je comprends, il essaie d'exécuter l'exemple et celui-ci
>> ne l'est pas du tout vu qu'il faut installer un paquet avec un exemple
>> jouet. Nous avons donc deux possibilités :
>>
>> - Générer à la volée un dépôt VLE_HOME, changer la variable
>>     d'environnement VLE_HOME, y copier un exemple depuis le paquet rvle et
>>     le compiler puis exécuter le test.
>>
>> - Supprimer l'exemple.
>>
>> J'aimerais bien un jour avoir la première solution. Mais à court terme,
>> nous pouvons nous satisfaire de la 2e solution je pense.
>>
>
> Un patch où les exemples sont commentés (mais visibles dans les man pages)
> est sur trepos-rvle/stable.
>
> La 1ere solution me parait intéressante, il faudra je pense voir comment
> intégrer le process
> de création de VLE_HOME, puis d'un paquet exemple dans le R CMD INSTALL
> et R CMD check.

Je viens de synchroniser ta branche avec la mienne. Tous les patchs sont 
disponibles sur sourceforge & co. Merci.

goth.