Re: [Vle-devel] Propositions patchs rvle1.0
A multi-modeling and simulation environment to study complex systems
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quesnel
From: Ronan T. <Ron...@to...> - 2012-04-03 15:08:59
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(re) bonjour à tous, Le 02/04/2012 18:45, Gauthier Quesnel a écrit : > On Wednesday 28 March 2012 à 12:35:24PM, Ronan Trépos wrote: >> Bonjour à tous, > Bonsoir, > >> j'ai continué à travailler sur rvle et je propose 8 patchs pour >> l'intégration dans la prochaine release de vle 1.0. Je suis allé moins >> loin que je l'espérais, on en garde un peu pour vle 1.1. C'est donc >> sur le sourceforge de vle à trepos-rvle/stable >> >> Les grandes lignes: >> - compatibilité R 2.14 >> - documentation >> - output plugin manipulable dans la couche objet >> >> Normalement l'API est restée stable mais certaines fonctions sont >> "deprecated" >> >> A noter qu'actuellement, et en prévision d'un passage sur vle1.1, les >> tests unitaires sont basés sur un vpz global et sur un modèle equation >> differentielles. >> J'ai complété ces tests unitaires par un paquet test_port ( >> trepos-test_port/master) en vue de vle1.1 (donc non basé sur les >> extensions), >> il faudra alors voir comment l'intégrer au paquet rvle. > Je viens de regarder les patchs, ils me semblent très biens. Je note > juste que le R CMD check rvle ne fonctionne plus : > > * checking for portable compilation flags in Makevars ... OK > * checking for portable use of $(BLAS_LIBS) and $(LAPACK_LIBS) ... OK > * checking compiled code ... NOTE > File ‘/pub/git/vle/rvle.Rcheck/rvle/libs/rvle.so’: > Found ‘__assert_fail’, possibly from ‘assert’ (C) > Objects: ‘convert.o’, ‘rvle.o’ > > Compiled code should not call functions which might terminate R nor > write to stdout/stderr instead of to the console. > > See ‘Writing portable packages’ in the ‘Writing R Extensions’ manual. > * checking examples ... ERROR > Running examples in ‘rvle-Ex.R’ failed > The error most likely occurred in: > > > ### Name: results > > ### Title: Gives the results of the last simulation process > > ### Aliases: results results-methods results,Rvle-method > > > > ### ** Examples > > > > > > # Assumptions : > > # - there is a vle package named "mypkg" > > # - this package contains a vpz file named "myvpz" > > # - the vpz "myvpz" contains only one view named "myview" > > # - the view "myview" contains a column "MyModel:MyDyn.myPort" > > # - the view "myview" contains at least 10 lines > > > > > > # Building the Rvle object > > > > f = new("Rvle",file = "myvpz", pkg = "mypkg") > I/O warning : failed to load external entity "/home/gquesnel/.vle/pkgs/mypkg/exp/myvpz" > I/O warning : failed to load external entity "/home/gquesnel/.vle/pkgs/mypkg/exp/myvpz" > Error in rvle.open(.Object@file, .Object@pkg) : > RVLE: unable to open myvpz from package mypkg > Calls: new ... initialize -> initialize -> .local -> rvle.open -> .Call > Execution halted > > > D'après ce que je comprends, il essaie d'exécuter l'exemple et celui-ci > ne l'est pas du tout vu qu'il faut installer un paquet avec un exemple > jouet. Nous avons donc deux possibilités : > > - Générer à la volée un dépôt VLE_HOME, changer la variable > d'environnement VLE_HOME, y copier un exemple depuis le paquet rvle et > le compiler puis exécuter le test. > > - Supprimer l'exemple. > > J'aimerais bien un jour avoir la première solution. Mais à court terme, > nous pouvons nous satisfaire de la 2e solution je pense. > Un patch où les exemples sont commentés (mais visibles dans les man pages) est sur trepos-rvle/stable. La 1ere solution me parait intéressante, il faudra je pense voir comment intégrer le process de création de VLE_HOME, puis d'un paquet exemple dans le R CMD INSTALL et R CMD check. A+ ronan > goth. > > ------------------------------------------------------------------------------ > This SF email is sponsosred by: > Try Windows Azure free for 90 days Click Here > http://p.sf.net/sfu/sfd2d-msazure > _______________________________________________ > Vle-devel mailing list > Vle...@li... > https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/vle-devel -- Trépos Ronan INRA unité BIA, équipe MAD, Toulouse http://carlit.toulouse.inra.fr/wikiz/index.php/Ronan_TREPOS tel : 05 61 28 51 89 |