インデントコマンドで、1行内のデータを選択していると、1文字入力のときにインデントコマンド経由でインデントプラグインが実行されて、ミニマップの再描画がOFFになります。
CViewCommander::Command_INDENT
const bool bDrawSwitchOld = m_pCommanderView->SetDrawSwitch(false);
Command_WCHAR( pData[0] ); // 1文字入力
となっていてWCHAR内部でインデントプラグインが実行されて、それが終了するときに、現在のビューの再描画がfalseだったのを復帰させるために、すべてのビューの再描画がfalseに戻されるのですが、次に設定するときは現在のビューしかtrueに設定しないためです。
とりあえず、WCHARの前にフラグを戻すことによって対応しました。