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From: <dir...@bo...> - 2012-05-15 11:35:00
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Dear all, I was playing with cealign in PyMOL and noticed the following discrepancy: Results using cealign from PyMOL: --- < snip > --- ... PyMOL>load 1fsz.pdb ... PyMOL>load 1tub.pdb ... PyMOL>cealign (1fsz and chain A), (1tub and chain A) RMSD 4.423531 over 272 residues --- < snip > --- vs. results using jCE from the RCSB webpage (rmsd 3.22 over 305 residues): http://www.rcsb.org/pdb/workbench/showPrecalcAlignment.do?action=pw_ce&name1= 1FSZ.A&name2=1TUB.A Am I doing something wrong? Am I missing something? If this is not the case, why are the results substantially different? Thanks for any help, Dirk --- Dr. Dirk Reinert Boehringer Ingelheim Pharma GmbH & Co. KG Dept. Lead Identific. and Optim. Sup. Ge Tel.: +49 (7351) 54-97892 Fax: +49 (7351) 83-97892 mailto:dir...@bo... Boehringer Ingelheim Pharma GmbH & Co. KG, Sitz: Ingelheim am Rhein; Registergericht Mainz: HR A 22206; Komplementär Boehringer Ingelheim Deutschland GmbH; Geschäftsführung: Dr. Engelbert Günster (Vorsitzender), Ursula Fuggis-Hahn, Ralf Gorniak, Michael Klein, Dr. Martin Wanning; Vorsitzender des Aufsichtsrates: Prof. Dr. Dr. Andreas Barner; Sitz: Ingelheim am Rhein; Registergericht Mainz: HR B 23260 Diese E-Mail ist vertraulich zu behandeln. Sie kann besonderem rechtlichen Schutz unterliegen. Wenn Sie nicht der richtige Adressat sind, senden Sie bitte diese E-Mail an den Absender zurück, löschen die eingegangene E-Mail und geben den Inhalt der E-Mail nicht weiter. Jegliche unbefugte Bearbeitung, Nutzung, Vervielfältigung oder Verbreitung ist verboten. / This e-mail is confidential and may also be legally privileged. If you are not the intended recipient please reply to sender, delete the e-mail and do not disclose its contents to any person. Any unauthorized review, use, disclosure, copying or distribution is strictly prohibited. |