[PyMOL] cealign from PyMOL (version 1.5.0.4-Linux-x86_64) vs. jCE from RCSB

[<dir...@bo...>]

Dear all,

I was playing with cealign in PyMOL and noticed the following discrepancy:

Results using cealign from PyMOL:

--- < snip > ---
...
PyMOL>load 1fsz.pdb
...
PyMOL>load 1tub.pdb
...
PyMOL>cealign (1fsz and chain A), (1tub and chain A)
RMSD 4.423531 over 272 residues
--- < snip > ---

vs. results using jCE from the RCSB webpage (rmsd 3.22 over 305 residues):

http://www.rcsb.org/pdb/workbench/showPrecalcAlignment.do?action=pw_ce&name1=
1FSZ.A&name2=1TUB.A

Am I doing something wrong? Am I missing something? If this is not the case,
why are the results substantially different? 

Thanks for any help,
Dirk

---
Dr. Dirk Reinert

Boehringer Ingelheim Pharma GmbH & Co. KG
Dept. Lead Identific. and Optim. Sup. Ge
Tel.: +49 (7351) 54-97892
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Boehringer Ingelheim Pharma GmbH & Co. KG, Sitz: Ingelheim am Rhein;
Registergericht Mainz: HR A 22206; Komplementär Boehringer Ingelheim
Deutschland GmbH; Geschäftsführung: Dr. Engelbert Günster (Vorsitzender),
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