Wenn man Notepad++ aus der CMD-Shell startet und als ersten Parameter einen Datei angibt, die sich im aktuellen Verzeichnis befindet, wird diese nicht gefunden, wenn in Notepad++ vorher eine andere Datei aus einem anderen Verzeichnis geöffnet (und nicht mehr geschlossen) wurde.

Notepad++ versucht auf das Verzeichnis des Datei im letzten Tab zuzugreifen, anstatt in dem Verzeichnis nachzusehen aus dem es gestartet wurde, selbst wenn ".\" vor den Filename schreibt (Bsp.: C:\Docs\>Notepad++ .\Textfile.txt)

Wenn in Notepad++ vorher keine Datei mehr geöffnet war, dann wird richtigerweise aus dem ausführenden Verzeichnis geladen.