-R causes nontermination with MPI
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crypticfortune
From 斉藤さん:
最近、自分の研究で MPI の Murasaki を使っているのですが、MPI ではない
Murasaki で普通に動いていたオプション -R (reverse complement を作らない)
がうまく動かなくなっているように感じました。
-R を付けているのに標準出力に "Generating reverse complement..." と
表示されます。また、hasher node の処理が hashing の progress bar の
ところで止まってしまいます。
オプション -A で hasher node を 1 つにすると progress は 50% で止まり
ます。2 つにすると片方の node では hashing が正常に終了するのに、もう
片方の node では hashing が始まってくれません。
-R を付けなければ Murasaki の計算は終わるので、-R の動作に問題があるの
ではないかと思いました。
Murasaki のバーション (murasaki -V) は 1.35 (MPI, LARGESEQ, SYSV) で、
MPI には Open MPI を使いました。ハッシュには EcoHash を使っています。