Menu

#8 -R causes nontermination with MPI

open
nobody
None
5
2008-08-19
2008-08-19
No

From 斉藤さん:

最近、自分の研究で MPI の Murasaki を使っているのですが、MPI ではない
Murasaki で普通に動いていたオプション -R (reverse complement を作らない)
がうまく動かなくなっているように感じました。

-R を付けているのに標準出力に "Generating reverse complement..." と
表示されます。また、hasher node の処理が hashing の progress bar の
ところで止まってしまいます。
オプション -A で hasher node を 1 つにすると progress は 50% で止まり
ます。2 つにすると片方の node では hashing が正常に終了するのに、もう
片方の node では hashing が始まってくれません。

-R を付けなければ Murasaki の計算は終わるので、-R の動作に問題があるの
ではないかと思いました。

Murasaki のバーション (murasaki -V) は 1.35 (MPI, LARGESEQ, SYSV) で、
MPI には Open MPI を使いました。ハッシュには EcoHash を使っています。

Discussion


Log in to post a comment.

MongoDB Logo MongoDB