Java2WSDL (al menos la version correspondiente a Axis1.4) parece no soportar anidamiento de estructuras del tipo: HashMap<String, ArrayList<String>>. Esto hace que en el servidor en lugar de generarse un ArrayList dentro de la map, se generen/recuperen objetos que no son ArrayLists.
Para LYWSE esto ya estaba funcionando correctamente, debido a que ya se estaban creando los objetos mediante ListedMap.