Hola Marcos, efectivamente, esto ocurre en las últimas versiones de Ubuntu (no así en Kubuntu, donde la comprobación de paquetes no es tan estricta) - puedes ignorar el mensaje e instalar.

En la última versión que estamos preparando se ha solucionado el tema de los permisos, y ya no se queja el sistema.

De cualquier forma, KEME es más funcional en el entorno KDE (kubuntu); al utilizar las mismas librerías (QT) que el sistema, la carga es más rápida y las dependencias menores,

saludos