Re: [Bio-bwa-help] BWA on SHOX gene: mapping quality zero

[Merella S. <mer...@hs...>]

Thanks Sebastian!


> On 20 set 2016, at 15:26, sebastien letort <seb...@ir...> wrote:
>
> Hi Stefania,
>
>>> In order to perform a better control, do you have any tool able to perform like an intersectBed between the fasta file and bed region of the gene?
> You can use bedtools getfasta.
> http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/tools/getfasta.html
>
> Sébastien
>
> ------------------------------------------------------------------------------
> _______________________________________________
> Bio-bwa-help mailing list
> Bio...@li...
> https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/bio-bwa-help




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IL TUO 5XMILLE AL SAN RAFFAELE DI MILANO

Devolvi il tuo 5 per mille all’Ospedale San Raffaele: perché al centro della Ricerca ci sei TU. CODICE FISCALE: 07636600962, nel riquadro RICERCA SANITARIA. Non c’è cura, senza ricerca. Non c’è ricerca, senza il tuo 5xmille. Scopri come su http://www.5xmille.org

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