[Treebase-guts] SF.net SVN: treebase:[897] trunk/treebase-core/src/main/java/org/cipres/ treebase/domain/nexus/nexml/NexmlMatrixConverter.java

[<lol...@us...>]

Revision: 897
          http://treebase.svn.sourceforge.net/treebase/?rev=897&view=rev
Author:   loloyohe
Date:     2011-06-02 19:55:32 +0000 (Thu, 02 Jun 2011)

Log Message:
-----------


Modified Paths:
--------------
    trunk/treebase-core/src/main/java/org/cipres/treebase/domain/nexus/nexml/NexmlMatrixConverter.java

Modified: trunk/treebase-core/src/main/java/org/cipres/treebase/domain/nexus/nexml/NexmlMatrixConverter.java
===================================================================
--- trunk/treebase-core/src/main/java/org/cipres/treebase/domain/nexus/nexml/NexmlMatrixConverter.java	2011-06-02 19:55:09 UTC (rev 896)
+++ trunk/treebase-core/src/main/java/org/cipres/treebase/domain/nexus/nexml/NexmlMatrixConverter.java	2011-06-02 19:55:32 UTC (rev 897)
@@ -340,15 +340,31 @@
 				xmlMatrix.setSeq(seq,xmlOTU);
 			}
 			for ( RowSegment tbSegment : tbSegments ) {
+				String accessionNumber = tbSegment.getSpecimenLabel().getGenBankAccession();
 				Double latitude = tbSegment.getSpecimenLabel().getLatitude();
 				Double longitude = tbSegment.getSpecimenLabel().getLongitude();
+				Double elevation = tbSegment.getSpecimenLabel().getElevation();
+				String collector = tbSegment.getSpecimenLabel().getCollector();
+				String country = tbSegment.getSpecimenLabel().getCountry();
+				if ( null != accessionNumber) {
+					xmlOTU.addAnnotationValue("DwC:StringGenbankAcessionNumber", Constants.DwCURI, accessionNumber);
+				}
 				if ( null != latitude ) {
 					xmlOTU.addAnnotationValue("DwC:DecimalLatitude", Constants.DwCURI, latitude);
 				}
 				if ( null != longitude ) {
 					xmlOTU.addAnnotationValue("DwC:DecimalLongitude", Constants.DwCURI, longitude);
 				}
-			}			
+				if ( null != elevation ) {
+					xmlOTU.addAnnotationValue("DwC:DecimalElevation", Constants.DwCURI, elevation);
+				}
+				if ( null != collector ) {
+					xmlOTU.addAnnotationValue("DwC:StringCollector", Constants.DwCURI, collector);
+				}
+				if ( null != country ) {
+					xmlOTU.addAnnotationValue("DwC:StringCountry", Constants.DwCURI, country);
+				}
+			}
 		}	
 	}
 	
@@ -378,16 +394,32 @@
 			}
 			Set<RowSegment> tbSegments = tbRow.getSegmentsReadOnly();
 			for ( RowSegment tbSegment : tbSegments ) {
+				String accessionNumber = tbSegment.getSpecimenLabel().getGenBankAccession();
 				Double latitude = tbSegment.getSpecimenLabel().getLatitude();
 				Double longitude = tbSegment.getSpecimenLabel().getLongitude();
+				Double elevation = tbSegment.getSpecimenLabel().getElevation();
+				String collector = tbSegment.getSpecimenLabel().getCollector();
+				String country = tbSegment.getSpecimenLabel().getCountry();
+				if ( null != accessionNumber) {
+					xmlOTU.addAnnotationValue("DwC:StringGenbankAcessionNumber", Constants.DwCURI, accessionNumber);
+				}
 				if ( null != latitude ) {
 					xmlOTU.addAnnotationValue("DwC:DecimalLatitude", Constants.DwCURI, latitude);
 				}
 				if ( null != longitude ) {
 					xmlOTU.addAnnotationValue("DwC:DecimalLongitude", Constants.DwCURI, longitude);
 				}
-			}			
+				if ( null != elevation ) {
+					xmlOTU.addAnnotationValue("DwC:DecimalElevation", Constants.DwCURI, elevation);
+				}
+				if ( null != collector ) {
+					xmlOTU.addAnnotationValue("DwC:StringCollector", Constants.DwCURI, collector);
+				}
+				if ( null != country ) {
+					xmlOTU.addAnnotationValue("DwC:StringCountry", Constants.DwCURI, country);
+				}
+			}
 		}		
 	}
-	
+
 }


This was sent by the SourceForge.net collaborative development platform, the world's largest Open Source development site.