[Treebase-guts] SF.net SVN: treebase:[718] trunk/treebase-core/src/main/java/org/cipres/ treebase/domain/nexus/nexml/NexmlMatrixConverter.java

[<rv...@us...>]

Revision: 718
          http://treebase.svn.sourceforge.net/treebase/?rev=718&view=rev
Author:   rvos
Date:     2010-06-09 12:40:28 +0000 (Wed, 09 Jun 2010)

Log Message:
-----------
Attaching DarwinCore geocoding predicates to OTUs

Modified Paths:
--------------
    trunk/treebase-core/src/main/java/org/cipres/treebase/domain/nexus/nexml/NexmlMatrixConverter.java

Modified: trunk/treebase-core/src/main/java/org/cipres/treebase/domain/nexus/nexml/NexmlMatrixConverter.java
===================================================================
--- trunk/treebase-core/src/main/java/org/cipres/treebase/domain/nexus/nexml/NexmlMatrixConverter.java	2010-06-04 11:29:49 UTC (rev 717)
+++ trunk/treebase-core/src/main/java/org/cipres/treebase/domain/nexus/nexml/NexmlMatrixConverter.java	2010-06-09 12:40:28 UTC (rev 718)
@@ -306,17 +306,14 @@
 					attachTreeBaseID((Annotatable)xmlCell,tbCell,DiscreteMatrixElement.class);
 					for ( RowSegment tbSegment : tbSegments ) {
 						if ( tbSegment.getStartIndex() <= charIndex && charIndex <= tbSegment.getEndIndex() ) {
-							if ( tbSegment.getSpecimenLabel().getLatitude() != null ) {
-								((Annotatable)xmlCell).addAnnotationValue("DwC:DecimalLatitude", Constants.DwCURI, tbSegment.getSpecimenLabel().getLatitude());
+							Double latitude = tbSegment.getSpecimenLabel().getLatitude();
+							Double longitude = tbSegment.getSpecimenLabel().getLongitude();
+							if ( null != latitude ) {
+								((Annotatable)xmlCell).addAnnotationValue("DwC:DecimalLatitude", Constants.DwCURI, latitude);
 							}
-							if ( tbSegment.getSpecimenLabel().getLongitude() != null ) {
-								((Annotatable)xmlCell).addAnnotationValue("DwC:DecimalLongitude", Constants.DwCURI, tbSegment.getSpecimenLabel().getLongitude());
+							if ( null != longitude ) {
+								((Annotatable)xmlCell).addAnnotationValue("DwC:DecimalLongitude", Constants.DwCURI, longitude);
 							}
-							/*
-							if ( tbSegment.getSpecimenLabel().getGenBankAccession() != null ) {
-								((Annotatable)xmlCell).addAnnotationValue(arg0, arg1, arg2)
-							}
-							*/
 						}
 					}
 					charIndex++;
@@ -335,6 +332,18 @@
 				}				
 				xmlMatrix.setSeq(seq,xmlOTU);
 			}
+			for ( RowSegment tbSegment : tbSegments ) {
+				if ( tbSegment.getStartIndex() <= charIndex && charIndex <= tbSegment.getEndIndex() ) {
+					Double latitude = tbSegment.getSpecimenLabel().getLatitude();
+					Double longitude = tbSegment.getSpecimenLabel().getLongitude();
+					if ( null != latitude ) {
+						xmlOTU.addAnnotationValue("DwC:DecimalLatitude", Constants.DwCURI, latitude);
+					}
+					if ( null != longitude ) {
+						xmlOTU.addAnnotationValue("DwC:DecimalLongitude", Constants.DwCURI, longitude);
+					}
+				}
+			}			
 		}	
 	}
 	


This was sent by the SourceForge.net collaborative development platform, the world's largest Open Source development site.