Thread: [Timina-developers] Parser e Pipeline
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From: Rodrigo C. M. C. <rod...@ya...> - 2006-06-28 01:37:24
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Boa noite! Hoje foi finalizado o parser para o Blast. A classe BlastHTMLParser encontra-se no CVS. Esta classe seta os seguintes atributos em AutomaticAnnotationHit: - geneCode (código NCBI do gene, se disponível) - geneName (nome completo do gene) - score (valor de score do alinhamento) - evalue - identity (taxa de identidades no alinhamento) As seqüências não são processadas. A cada chamada a 'readObject()' são setados os atributos em um único hit, embora possam existir hits agrupados (quando os hits estão agrupados cada chamada ao método recupera um hit do grupo). São processados os atributos acima porque estes foram definidos como úteis num eventual processamento por um plugin de anotação, conforme reunião com as professoras Maria Emília e Célia. Foi alterada também a forma de definição de um pipeline. Até então, os argumentos de um programa estavam reunidos numa única linha, separados por vírgulas, o que evidentemente dificultava a compreensão e a definição de um pipeline. O novo formato é o seguinte: pipeline = phred, phd2Fasta, crossmatch1, cap3 phred.class = br.unb.timina.programs.PhredRunnerParameters phred.input = esd phred.output = phd phred.parameterFile = /usr/local/phred/phredpar.dat phd2Fasta.class = br.unb.timina.programs.Phd2FastaRunnerParameters phd2Fasta.input = phd phd2Fasta.output = reads.fst crossmatch1.class = br.unb.timina.programs.CrossmatchRunnerParameters crossmatch1.input = reads.fst crossmatch1.minMatch = 12 crossmatch1.minScore = 20 crossmatch1.filter = /var/timina/data/vectors.fst cap3.class = br.unb.timina.programs.Cap3RunnerParameters cap3.input = reads.fst.screen As demais alterações e adições ao projeto podem ser acompanhadas pelo log do CVS. Sem mais por hora. Abraços. Rodrigo _______________________________________________________ Novidade no Yahoo! Mail: receba alertas de novas mensagens no seu celular. Registre seu aparelho agora! http://br.mobile.yahoo.com/mailalertas/ |