timina-developers Mailing List for Timina
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From: Rodrigo C M C. <rod...@gm...> - 2010-02-13 03:35:50
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Prezados, Informo que já está disponível para download a versão 0.16.0 do Timina, que traz as seguintes novidades: • Fixes bug 2950979 - Server takes a lot to respond for the annotation page • Fixes bug 2948520 - Annotation plug-ins fails when no plug-ins defined • Implements request 2951009 - Automatically redirects to the previous page after login • Implements request 2951005 - Improve navigation of the list of users Para baixar a nova versão e obter mais detalhes: http://timina.sourceforge.net/wiki/index.php/About_Release_0.16.0 . Recomendo que todas as instalações atuais do Timina sejam substituídas por essa nova versão. Qualquer dúvida, estou à disposição. Abraço. Rodrigo C. M. Coimbra rod...@gm... MSN: cai...@ho... Google Talk: rod...@gm... (61) 9134-2285 |
From: Rodrigo C M C. <rod...@gm...> - 2010-02-08 19:50:43
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Prezados, Caso alguém tenha feito o download da versão 0.14.0 na manhã de hoje, informo que por conter um pequeno problema na funcionalidade nova de remoção de placas confirmadas, fui obrigado e refazer o pacote nesta tarde. Então, pra quem já fez o download, recomendo que o faça novamente. Em 08/02/2010, às 01:53, Rodrigo C M Coimbra escreveu: > Prezados, > > Informo que já está disponível para download a versão 0.14.0 do > Timina, que traz as seguintes novidades: > > • Fixes bug 2947457 - Fail to reannotate the current assembly > • Fixes bug 2947455 - Under unknow situations, fails to open > database connection > • Fixes bug 2947424 - Search tool fails with "type 'e' does not > exist" > • Fixes bug 2947420 - Automatic annotation result page is broken > during processing > • Fixes bug 2947418 - Annotation fails with "type 'tsvector' does > not exist" > • Implements request 2947518 - Improve navigation of the repository > of plaques > • Implements request 1936369 - Add removing of confirmed plaques > > > Para baixar a nova versão e obter mais detalhes: http://timina.sourceforge.net/wiki/index.php/About_Release_0.14.0 > . A documentação sobre essa nova versão ainda está sendo atualizada. > Recomendo que todas as instalações atuais do Timina sejam > substituídas por essa nova versão. Qualquer dúvida, estou à > disposição. > > Abraço. > > Rodrigo C. M. Coimbra > rod...@gm... > MSN: cai...@ho... > Google Talk: rod...@gm... > (61) 9134-2285 > > > |
From: Rodrigo C M C. <rod...@gm...> - 2010-02-08 03:54:11
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Prezados, Informo que já está disponível para download a versão 0.14.0 do Timina, que traz as seguintes novidades: • Fixes bug 2947457 - Fail to reannotate the current assembly • Fixes bug 2947455 - Under unknow situations, fails to open database connection • Fixes bug 2947424 - Search tool fails with "type 'e' does not exist" • Fixes bug 2947420 - Automatic annotation result page is broken during processing • Fixes bug 2947418 - Annotation fails with "type 'tsvector' does not exist" • Implements request 2947518 - Improve navigation of the repository of plaques • Implements request 1936369 - Add removing of confirmed plaques Para baixar a nova versão e obter mais detalhes: http://timina.sourceforge.net/wiki/index.php/About_Release_0.14.0 . A documentação sobre essa nova versão ainda está sendo atualizada. Recomendo que todas as instalações atuais do Timina sejam substituídas por essa nova versão. Qualquer dúvida, estou à disposição. Abraço. Rodrigo C. M. Coimbra rod...@gm... MSN: cai...@ho... Google Talk: rod...@gm... (61) 9134-2285 |
From: Rodrigo C M C. <rod...@gm...> - 2009-04-24 04:04:23
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Boa noite. Acaba de ser lançada a versão 0.12.1 do Timina. Nesta versão foram feitas 4 correções de bugs, incluindo o bug relativo à remoção de todo o ambiente gerado (arquivos, diretórios e tabelas) para uma montagem ou anotação em caso de erros durante sua execução. Para detalhes sobre a versão e link para download: http://timina.sourceforge.net/wiki/index.php/About_Release_0.12.1 Abraços. Rodrigo C. M. Coimbra rod...@gm... MSN: cai...@ho... Google Talk: rod...@gm... (61) 9134-2285 |
From: Rodrigo C M C. <rod...@gm...> - 2009-01-19 02:20:48
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Boa noite. Acaba de ser lançada a versão 0.12.0 do Timina. Nesta versão foram feitas 4 correções de bugs e implementadas 3 novas funcionalidades planejadas desde o início de projeto: a interface para ferramentas de anotação e as duas ferramentas padrão (busca nas anotações e Blast contra as sequências anotadas), que implementam a interface criada. Para detalhes sobre a versão e link para download: http://timina.sourceforge.net/wiki/index.php/About_Release_0.12.0 Abraços. Rodrigo C. M. Coimbra rod...@gm... MSN: cai...@ho... Google Talk: rod...@gm... (61) 9134-2285 |
From: Rodrigo C M C. <rod...@ya...> - 2008-05-12 00:42:34
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Boa noite. Acabo de organizar a sessão de monitoração de atividades do projeto na plataforma do SourceForge.net. Além dos "trackers" para "Bugs" e "Feature Requests", inclui agora o "Features Planning", no qual é possível acompanhar o planejamento e a evolução das funcionalidades planejadas para o Timina. Para acesso aos "trackers" basta ir para https://sourceforge.net/tracker/?group_id=136431 . Para todos os "trackers" é preciso estar autenticado no SF.net e ter uma permissão especial (concedida por mim) para fazer alterações (a visualização é aberta a todos). Além de facilitar o acompanhamento das atividades, os "trackers" permitem que mais pessoas trabalhem no projeto e que tudo seja gerenciado por uma ou duas pessoas. Ressalto que é possível acompanhar toda a evolução de uma tarefa, desde que o responsável faça as devidas anotações. Finalmente, com o objetivo de melhorar o acompanhamento do projeto pelo público, estou liberando a visualização das mensagens da lista "timina-developers", na qual faço minhas comunicações sobre o projeto e divulgo esta mensagem. Aliada à lista "timina-users", que já era de visualização e postagem públicas, as listas de discussão têm como objetivo aproximar o usuário do processo de desenvolvimento do Timina. Mais novidades em breve. Abraços. Rodrigo C. M. Coimbra rod...@ya... MSN: cai...@ho... Google Talk: rod...@gm... (61) 9134-2285 |
From: Rodrigo C M C. <rod...@ya...> - 2008-05-08 03:17:22
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Boa noite. Acaba de ser lançada a versão 0.10.0 do Timina. Nesta versão foram feitas duas correções de bugs e implementadas 3 novas funcionalidades sugeridas pelos nossos usuários. Para detalhes sobre a versão e link para download: http://timina.sourceforge.net/wiki/index.php/About_Release_0.10.0 Abraços. Rodrigo C. M. Coimbra rod...@ya... MSN: cai...@ho... Google Talk: rod...@gm... (61) 9134-2285 |
From: Rodrigo C M C. <rod...@ya...> - 2008-04-06 15:14:22
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Boa tarde. Acaba de ser lançada mais uma versão do Timina. Nesta última versão tenta-se corrigir bugs críticos relatados nos últimos dias. Para detalhes sobre as modificações: http://timina.sourceforge.net/wiki/index.php/About_Release_0.8.4 . Abraços. Rodrigo C. M. Coimbra rod...@ya... MSN: cai...@ho... Google Talk: rod...@gm... (61) 9134-2285 |
From: Rodrigo C M C. <rod...@ya...> - 2008-04-04 03:50:36
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Boa noite. Acabo de lançar a versão 0.8.3 do Timina. Essa versão corrige um bug importante relativo ao processo de limpeza de uma anotação ou montagem interrompidas por causa de algum erro. Maiores detalhes em http://timina.sourceforge.net/wiki/index.php/About_Release_0.8.3 . Abraços. Rodrigo C. M. Coimbra rod...@ya... MSN: cai...@ho... Google Talk: rod...@gm... (61) 9134-2285 |
From: Rodrigo C M C. <rod...@ya...> - 2008-03-31 03:08:07
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Boa tarde, Acabo de adicionar a release 0.8.2 do Timina ao SourceForge.net. Detalhes sobre este release podem ser vistos em http://timina.sourceforge.net/wiki/index.php/About_Release_0.8.2 . Este é o primeiro pacote gerado utilizando o Ant, cujo arquivo de build (ant-timina.xml) foi criado neste final de semana e encontra-se no CVS. A configuração ainda precisa ser amadurecida, mas já automatiza o processo de geração de pacotes de distribuição do projeto. Abraços. Rodrigo C. M. Coimbra rod...@ya... MSN: cai...@ho... Google Talk: rod...@gm... (61) 9134-2285 |
From: Rodrigo C M C. <rod...@ya...> - 2008-03-19 01:58:59
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Boa noite, No pacote disponibilizado no último dia 16 de março havia um erro no arquivo 'timina.war'. O erro tratava-se da localização errada dos arquivos 'timina-core.jar' e 'timina-persistence.jar', que estavam em 'WEB-INF/', quando a localização correta tem que ser 'WEB-INF/lib'. O pacote já foi corrigido e está disponível para download. Vale lembrar que o processo de atualização dos espelhos do SF.net não é automático. Assim, ainda deve demorar algumas horas até o pacote ser atualizado em todos os espelhos. Estou trabalhando numa forma de automatizar a geração des pacotes e, assim, evitar que erros como os desta semana ocorram novamente. Abraços. Rodrigo C. M. Coimbra rod...@ya... MSN: cai...@ho... Google Talk: rod...@gm... (61) 9134-2285 |
From: Rodrigo C M C. <rod...@ya...> - 2008-03-16 14:31:31
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Bom dia, O pacote disponibilizado para download ontem estava sem o arquivo 'timina.war' e continha alguns diretórios vazios que não deveriam estar no pacote. Acabo de corrigir o pacote e este já está disponível para download no SF.net. Abraços. Rodrigo C. M. Coimbra rod...@ya... MSN: cai...@ho... Google Talk: rod...@gm... (61) 9134-2285 |
From: Rodrigo C M C. <rod...@ya...> - 2008-03-15 18:16:21
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Boa tarde, Acabo de adicionar a release 0.8.1 do Timina ao SourceForge.net. Detalhes sobre este release podem ser visto em http://timina.sourceforge.net/wiki/index.php/About_Release_0.8.1 . Abraços. Rodrigo C. M. Coimbra rod...@ya... MSN: cai...@ho... Google Talk: rod...@gm... (61) 9134-2285 |
From: Rodrigo C M C. <rod...@ya...> - 2008-03-09 19:31:06
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Boa tarde, Acabo de adicionar a release 0.8 do Timina ao SourceForge.net. Detalhes sobre este release podem ser visto em http://timina.sourceforge.net/wiki/index.php/About_Release_0.8 . Abraços. Rodrigo C. M. Coimbra rod...@ya... MSN: cai...@ho... Google Talk: rod...@gm... (61) 9134-2285 |
From: Rodrigo C. M. C. <rod...@ya...> - 2006-09-02 00:19:05
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vetada == restrita :-P ;-) Rodrigo Rodrigo C. M. Coimbra escreveu: > Boa noite! > > Em virtude da falta de interesse da CJr pela conclusão da > página do Projeto Timina no SourceForge.net, tenho o prazer de anunciar > a instalação do MediaWiki na página do Timina. Acessando > http://timina.sourceforge.net o usuário cai na nova página do Projeto. > Bem, por ser nova, ainda não tem nada. Espero ainda esta noite > adicionar algum conteúdo. Quando o portal estiver mais maduro, poderemos > deixar alguns artigos abertos ao público para edição, mas no momento a > edição está vetada a usuários registrados. > > Abraços. > Rodrigo > > > > > > _______________________________________________________ > O Yahoo! está de cara nova. Venha conferir! > http://br.yahoo.com > > > ------------------------------------------------------------------------- > Using Tomcat but need to do more? Need to support web services, security? > Get stuff done quickly with pre-integrated technology to make your job easier > Download IBM WebSphere Application Server v.1.0.1 based on Apache Geronimo > http://sel.as-us.falkag.net/sel?cmd=lnk&kid=120709&bid=263057&dat=121642 > _______________________________________________ > Timina-developers mailing list > Tim...@li... > https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/timina-developers > > _______________________________________________________ O Yahoo! está de cara nova. Venha conferir! http://br.yahoo.com |
From: Rodrigo C. M. C. <rod...@ya...> - 2006-09-01 23:42:11
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Boa noite! Em virtude da falta de interesse da CJr pela conclusão da página do Projeto Timina no SourceForge.net, tenho o prazer de anunciar a instalação do MediaWiki na página do Timina. Acessando http://timina.sourceforge.net o usuário cai na nova página do Projeto. Bem, por ser nova, ainda não tem nada. Espero ainda esta noite adicionar algum conteúdo. Quando o portal estiver mais maduro, poderemos deixar alguns artigos abertos ao público para edição, mas no momento a edição está vetada a usuários registrados. Abraços. Rodrigo _______________________________________________________ O Yahoo! está de cara nova. Venha conferir! http://br.yahoo.com |
From: Rodrigo C. M. C. <rod...@ya...> - 2006-06-28 01:37:24
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Boa noite! Hoje foi finalizado o parser para o Blast. A classe BlastHTMLParser encontra-se no CVS. Esta classe seta os seguintes atributos em AutomaticAnnotationHit: - geneCode (código NCBI do gene, se disponível) - geneName (nome completo do gene) - score (valor de score do alinhamento) - evalue - identity (taxa de identidades no alinhamento) As seqüências não são processadas. A cada chamada a 'readObject()' são setados os atributos em um único hit, embora possam existir hits agrupados (quando os hits estão agrupados cada chamada ao método recupera um hit do grupo). São processados os atributos acima porque estes foram definidos como úteis num eventual processamento por um plugin de anotação, conforme reunião com as professoras Maria Emília e Célia. Foi alterada também a forma de definição de um pipeline. Até então, os argumentos de um programa estavam reunidos numa única linha, separados por vírgulas, o que evidentemente dificultava a compreensão e a definição de um pipeline. O novo formato é o seguinte: pipeline = phred, phd2Fasta, crossmatch1, cap3 phred.class = br.unb.timina.programs.PhredRunnerParameters phred.input = esd phred.output = phd phred.parameterFile = /usr/local/phred/phredpar.dat phd2Fasta.class = br.unb.timina.programs.Phd2FastaRunnerParameters phd2Fasta.input = phd phd2Fasta.output = reads.fst crossmatch1.class = br.unb.timina.programs.CrossmatchRunnerParameters crossmatch1.input = reads.fst crossmatch1.minMatch = 12 crossmatch1.minScore = 20 crossmatch1.filter = /var/timina/data/vectors.fst cap3.class = br.unb.timina.programs.Cap3RunnerParameters cap3.input = reads.fst.screen As demais alterações e adições ao projeto podem ser acompanhadas pelo log do CVS. Sem mais por hora. Abraços. Rodrigo _______________________________________________________ Novidade no Yahoo! Mail: receba alertas de novas mensagens no seu celular. Registre seu aparelho agora! http://br.mobile.yahoo.com/mailalertas/ |
From: Rodrigo C. M. C. <rod...@ya...> - 2006-06-19 03:30:30
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Boa noite! Conforme prometido, foi finalizado mais uma versão do Timina, a versão 0.3. Como dito na mensagem anterior, esta versão constitui apenas uma marcação no CVS e não resultará numa release. Foram finalizados e documentados os módulos relativos a montagem de seqüências e identificação de ORFs. As telas e o gráfico para a interface web também foram concluídos. Dará-se início agora aos trabalhos em anotação, assim como a correção de erros em submissão e montagem que venham a ser descobertos. A propósito, foram corrigidos vários pequenos erros em submissão ao longo da implementação da montagem. Pequenas otimizações de código também foram feitas nesse processo. Apenas um último comentário. Vocês podem estar se perguntando porque o número da versão é 0.3, já que a última versão foi a 0.1. Bem, na comunidade Linux números de versão ímpares indicam versões instáveis, enquanto números pares indicam versões estáveis. Quer dizer, 0.1 e 0.3 são versões instáveis, de teste, enquanto 0.2 ou 1.0 seriam estáveis. Tudo bem, eu poderia ser tão criativo quanto o Donald Knuth, que atribui o número de versão ao TeX aproximando-o do número PI (a cada release é adicionada uma casa decimal ao número da versão), mas ainda tenho MUITO o que aprender! ;-) Abraços. Rodrigo _______________________________________________________ Abra sua conta no Yahoo! Mail: 1GB de espa alertas de e-mail no celular e anti-spam realmente eficaz. http://mail.yahoo.com.br/ |
From: Rodrigo C. M. C. <rod...@ya...> - 2006-06-15 21:54:02
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Boa noite! Acabo de concluir a identificação de ORFs em contigs e singlets. Eliminei o conceito de fragmento (classe 'br.unb.timina.entities.Fragment') e agora as seqüências de contigs e singlets nas quais se deve procurar por ORFs têm as máscaras de vetor eliminadas. O método que elimina máscaras de vetor foi adicionado à classe 'br.unb.timina.entities.Sequence' e pode, na verdade, remover de uma seqüência qualquer caractere informado como parâmetro. Até o momento só é possível a identificação de ORFs com o programa Glimmer2, executando-se o script 'run-glimmer2', que faz parte do pacote do Glimmer2. Digo que apenas esse programa pode ser executado, porque ele produz uma saída bem particular e no momento temos parser apenas para essa saída. Contudo, a adição de outros programas (como o Glimmer3) e o tratamento de suas respectivas saídas é simples: basta implementar os parsers e as classes de configuração de programas; não é necessário alterar as classes que controlam a identificação de ORFs, uma vez que, além do programa a ser executado, a classe que faz o parse da saída também é um parâmetro definido num arquivo de propriedades ('orf.properties'). Importante destacar que a identificação de ORFs foi modelada de forma análoga aos subsistemas de montagem e submissão, ou seja, há um módulo para geração de arquivos, um módulo de execução de programas (que, assim como os demais, também é uma extensão de 'br.unb.timina.engine.Pipeline') e um módulo de parse de arquivos. Porém, desta vez as classes e interfaces desses módulos não estão agrupadas sob pacotes "orf", estão nos mesmos pacotes das classes para montagem análogas. Isto se deu porque a identificação de ORFs é realizada junto com a montagem (imediatamente após na verdade), sendo controlada pela mesma classe ('br.unb.timina.assembly.AssemblyController'). Na camada de persistência, por outro lado, não foi criado um novo conjunto de classes: todos os serviços foram implementados em 'br.unb.timina.persistence.assembly.AssemblyPersistence' (os métodos de acesso foram implementados em 'br.unb.timina.persistence.containers.ORFContainer'). Outro comentário importante é que foram ampliados os parâmetros de um ORF: foram adicionados os parâmetros 'readingFrame' e 'rawScore', o primeiro associado à orientação da seqüência e o segundo à pontuação da identificação do ORF. Para a conclusão do subsistema de montagem restam apenas a interface com o usuário (duas telas e um gráfico) e incrementar a documentação das classes. Ao contrário do subsistema de submissão, acredito que a conclusão da montagem não implica em lançamento de uma nova versão, já que a navegação entre contigs, singlets e ORFs só ficará de fato pronta com o subsistema de anotação. Assim, quando o subsistema de montagem estiver pronto não lançarei uma versão, apenas marcarei um estado no CVS. Finalmente, algumas informações sobre o estado atual do Timina: Total de linhas de código: 10282 Número de pacotes: 32 Número de classes: 116 Número de interfaces: 26 Número de métodos: 576 (dados obtidos pelo Metrics, um plugin para o Eclipse, disponível em metrics.sourceforge.net) Espero ainda hoje concluir os trabalhos em montagem. Não mais por hora. Abraços. Rodrigo _______________________________________________________ Novidade no Yahoo! Mail: receba alertas de novas mensagens no seu celular. Registre seu aparelho agora! http://br.mobile.yahoo.com/mailalertas/ |
From: Rodrigo C. M. C. <rod...@ya...> - 2006-05-25 02:32:19
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Boa noite! Os trabalhos para a conclusão do subsistema de montagem já começaram. Foram criadas duas novas entidades: Sequence e AminoacidSequence. BaseSequence agora é uma extensão da nova entidade Sequence. Temos a seguinte estrutura agora: Sequence ^ | ------- | | BaseSequence AminoacidSequence Com isso, agora o Timina é capaz de representar tanto DNA quanto proteína, de uma forma bem simplificada. As alterações nos parsers e geradores de arquivos já foram feitas. Os scripts para as gerações das tabelas do banco de dados para montagem foram corrigidos. Amanhã deve ser iniciada a codificação do que falta da lógica de montagem, mas sem previsão de quando será o término ainda. Abraços. Rodrigo _______________________________________________________ Abra sua conta no Yahoo! Mail: 1GB de espaço, alertas de e-mail no celular e anti-spam realmente eficaz. http://br.info.mail.yahoo.com/ |
From: Rodrigo C. M. C. <rod...@ya...> - 2006-05-20 01:43:48
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Saudações! Acabo de editar o tópico sobre Bioinformática na Wikipedia, adicionando um link para o projeto (http://en.wikipedia.org/wiki/Bioinformatics). Precisamos divulgar o nosso trabalho e a Wikipedia é um bom lugar para isso. Devo incluir referências também no Freshmeat (http://freshmeat.net/). O que acham de divulgarmos na lista da SBC? Abraços. Rodrigo _______________________________________________________ Navegue com o Yahoo! Acesso Grátis, assista aos jogos do Brasil na Copa e ganhe prêmios de hora em hora! http://br.yahoo.com/artilheirodacopa/ |