[Timina-developers] Parser e Pipeline

[Rodrigo C. M. C. <rod...@ya...>]

Boa noite!

          Hoje foi finalizado o parser para o Blast. A classe
BlastHTMLParser encontra-se no CVS. Esta classe seta os seguintes
atributos em AutomaticAnnotationHit:

- geneCode (código NCBI do gene, se disponível)
- geneName (nome completo do gene)
- score (valor de score do alinhamento)
- evalue
- identity (taxa de identidades no alinhamento)

            As seqüências não são processadas. A cada chamada a
'readObject()' são setados os atributos em um único hit, embora possam
existir hits agrupados (quando os hits estão agrupados cada chamada ao
método recupera um hit do grupo).
            São processados os atributos acima porque estes foram
definidos como úteis num eventual processamento por um plugin de
anotação, conforme reunião com as professoras Maria Emília e Célia.
            Foi alterada também a forma de definição de um pipeline. Até
então, os argumentos de um programa estavam reunidos numa única linha,
separados por vírgulas, o que evidentemente dificultava a compreensão e
a definição de um pipeline. O novo formato é o seguinte:

pipeline = phred, phd2Fasta, crossmatch1, cap3

phred.class = br.unb.timina.programs.PhredRunnerParameters
phred.input = esd
phred.output = phd
phred.parameterFile = /usr/local/phred/phredpar.dat

phd2Fasta.class = br.unb.timina.programs.Phd2FastaRunnerParameters
phd2Fasta.input = phd
phd2Fasta.output = reads.fst

crossmatch1.class = br.unb.timina.programs.CrossmatchRunnerParameters
crossmatch1.input = reads.fst
crossmatch1.minMatch = 12
crossmatch1.minScore = 20
crossmatch1.filter = /var/timina/data/vectors.fst

cap3.class = br.unb.timina.programs.Cap3RunnerParameters
cap3.input = reads.fst.screen


            As demais alterações e adições ao projeto podem ser
acompanhadas pelo log do CVS. Sem mais por hora.

Abraços.
Rodrigo


		
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