[Timina-developers] Montagem quase pronta

[Rodrigo C. M. C. <rod...@ya...>]

Boa noite!

            Acabo de concluir a identificação de ORFs em contigs e
singlets. Eliminei o conceito de fragmento (classe
'br.unb.timina.entities.Fragment') e agora as seqüências de contigs e
singlets nas quais se deve procurar por ORFs têm as máscaras de vetor
eliminadas. O método que elimina máscaras de vetor foi adicionado à
classe 'br.unb.timina.entities.Sequence' e pode, na verdade, remover de
uma seqüência qualquer caractere informado como parâmetro.
            Até o momento só é possível a identificação de ORFs com o
programa Glimmer2, executando-se o script 'run-glimmer2', que faz parte
do pacote do Glimmer2. Digo que apenas esse programa pode ser executado,
porque ele produz uma saída bem particular e no momento temos parser
apenas para essa saída. Contudo, a adição de outros programas (como o
Glimmer3) e o tratamento de suas respectivas saídas é simples: basta
implementar os parsers e as classes de configuração de programas; não é
necessário alterar as classes que controlam a identificação de ORFs, uma
vez que, além do programa a ser executado, a classe que faz o parse da
saída também é um parâmetro definido num arquivo de propriedades
('orf.properties').
            Importante destacar que a identificação de ORFs foi modelada
de forma análoga aos subsistemas de montagem e submissão, ou seja, há um
módulo para geração de arquivos, um módulo de execução de programas
(que, assim como os demais, também é uma extensão de
'br.unb.timina.engine.Pipeline') e um módulo de parse de arquivos.
Porém, desta vez as classes e interfaces desses módulos não estão
agrupadas sob pacotes "orf", estão nos mesmos pacotes das classes para
montagem análogas. Isto se deu porque a identificação de ORFs é
realizada junto com a montagem (imediatamente após na verdade), sendo
controlada pela mesma classe
('br.unb.timina.assembly.AssemblyController'). Na camada de
persistência, por outro lado, não foi criado um novo conjunto de
classes: todos os serviços foram implementados em
'br.unb.timina.persistence.assembly.AssemblyPersistence' (os métodos de
acesso foram implementados em
'br.unb.timina.persistence.containers.ORFContainer'). Outro comentário
importante é que foram ampliados os parâmetros de um ORF: foram
adicionados os parâmetros 'readingFrame' e 'rawScore', o primeiro
associado à orientação da seqüência e o segundo à pontuação da
identificação do ORF.
            Para a conclusão do subsistema de montagem restam apenas a
interface com o usuário (duas telas e um gráfico) e incrementar a
documentação das classes. Ao contrário do subsistema de submissão,
acredito que a conclusão da montagem não implica em lançamento de uma
nova versão, já que a navegação entre contigs, singlets e ORFs só ficará
de fato pronta com o subsistema de anotação. Assim, quando o subsistema
de montagem estiver pronto não lançarei uma versão, apenas marcarei um
estado no CVS.
            Finalmente, algumas informações sobre o estado atual do Timina:

Total de linhas de código: 10282
Número de pacotes: 32
Número de classes: 116
Número de interfaces: 26
Número de métodos: 576

(dados obtidos pelo Metrics, um plugin para o Eclipse, disponível em
metrics.sourceforge.net)

            Espero ainda hoje concluir os trabalhos em montagem.
            Não mais por hora.

Abraços.
Rodrigo



		
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