#5 MrModeltest och många fler...

[urban_a]

Johan Nylander:

Hej Urban!
Scibuntu -- alldeles lysande! Jag har faktiskt gått och tänkt på precis
samma sak, med precis samma namn!

(...)

Jag har tyvärr ingen deb fil av MrModeltest -- pga att jag aldrig har
skapat och distribuerat något som deb (!) utan skickar runt allt som
kod. Men det kanske går att fixa.
Men jag antar dessutom att allt som skall ingå måste finnas som deb
filer och ligga på kända repositors och/eller stabila url's för att
scriptet skall fungera?

Mvh
Johan

Program som jag skulle vilja se i scibuntu (distro eller script) är
följande (med slagsida från min egen forskning. OBS, jag har excluderat
alla lib* etc):

Program utan (mig veterligen) deb filer:

MrBayes (C-kod sourceforge.net/projects/mrbayes)
PHYML (binary binary http://atgc.lirmm.fr/phyml/\)
GARLI (C++-kod www.bio.utexas.edu/faculty/antisense/garli/Garli.html)
TreeViewX (deb filen som finns hos debian fungerar ej med ubuntu dapper,
ia alla fall inte på min dator)
MrModeltest2 (C-kod http://www.abc.se/~nylander\)
Burntrees.pl (perl-kod http://www.abc.se/~nylander\)
MrAIC.pl (perl-kod http://www.abc.se/~nylander\)

Program med deb filer (jag har adderat till din lista):
autoconf
binutils
bioperl
bison
blast2
build-essential
clustalw
clustalx
cvs
ddd
eclipse
emacs21
fig2ps
g77
gawk
gfortran
gif2png
gnuplot
grace
gromacs
gromacs-doc
gs
gv
inkscape
ipe
labplot
latex-beamer
lynx
lyx
lyx-common
lyx-qt
ncbi-tools-bin
ncbi-tools-x11
ncurses
octave
openbabel
openssh
perl-doc
plotdrop
pstoedit
pymol
python-biopython
python-biopython
qalculate-gtk
qtcvs
rasmol
r-base
sharutils
subversion
synergy
sysutils
t-coffee
tetex
tetex-base
tetex-bin
tetex-extra
tkcvs
tkdiff
tree-puzzle
treeviewx
vim-gnome
vim-latexsuite
xfig

[urban_a]

Logged In: YES
user_id=1645396
Originator: YES

Johan Nylander
till mig

Hej Urban,
Har lyckats göra några deb filer och gjort dem tillgängliga på
http://www.abc.se/~nylander/ubuntu. Kanske kan vara intressant att
addera till scibuntu scriptet?

Deb filerna är skapade med 'checkinstall' och har bara testinstallerats
på ett par datorer med Ubuntu 6.10. De installeras i /usr/local/bin.
Kanske bör de testas först av någon som egentligen vet hur man gör...

Tre av programmen är beroende av andra program som det inte finns deb
filer för. Detaljer:

mailfit_0.2-1_i386.deb -- Perlscript som kör MrModeltest2 (se
nedan) och/eller Modeltest. Modeltest måste laddas ner och kompileras
separat).

mraic_1.4.2-1_i386.deb -- Perlscript som är beroende av 'phyml_linux' som måste laddas ner separat som binary.

mrmodeltest2_2.2-1_i386.deb -- MrModeltest är beroende av det komersiella programmet PAUP.

mrbayes_3.1.2-1_i386.deb -- Komplett binary. "Unofficial deb".