Re: [PyMOL] How to iterate over a distance object?

[Tamas H. <bio...@gm...>]

Please, google "pymol iterate objects"
3rd in the hit list: [PyMOL] iterating over list of objects
for i in *cmd.get_object_list()*: cmd.align( i, reference )


On Mon, Jan 27, 2025 at 9:56 AM Csongor MATYAS via PyMOL-users <
pym...@li...> wrote:

> I am trying to iterate over lots of distances that I can generate with
> cmd.distance(name = 'distA_B', selection1 = 'selA', selection2 = 'selB',
> cutoff = 3.6, mode = 2) for example. My only problem is that I don't know
> how to iterate over them. How can one iterate over objects that are not
> selection of atoms?
> (I'm doing this from python using the pymol-bundle, but even in pymol I
> can't find a way to save these into a file or print them or save them in a
> variable somehow)
>
> Kind regards,
> Csongor
>
> DISCLAIMER
>
> Prezentul mesaj și orice documente atașate pot conține informații
> confidențiale sau sensibile care aparțin Universității Babeș-Bolyai din
> Cluj-Napoca. Conținutul mesajului nu poate fi dezvăluit sau utilizat de
> către altcineva decât destinatarul, persoană fizică sau juridică. Dacă ați
> primit acest mesaj dintr-o eroare, vă rugăm să ne anunțati imediat, ca
> răspuns la mesajul de față, și să ștergeți apoi din sistemul dvs. mesajul
> fără a-l copia sau deschide. Prin prezenta vi se notifică faptul că orice
> dezvaluire, copiere, distribuire sau inițierea/omiterea unor acțiuni pe
> baza prezentelor informații sunt strict interzise și atrag răspunderea
> civilă și/sau penală (art. 302 Noul Cod Penal). UBB nu este răspunzătoare
> pentru modificările care pot fi aduse prezentului mesaj și nici pentru
> întârzierile care pot surveni în recepționarea acestuia. De asemenea, nu
> putem garanta integritatea mesajului și nici că acesta este lipsit de
> viruși, interceptări sau interferențe de orice natură. =================
> The contents of this email message and any attachments may contain
> confidential and/or privileged information belonging to Babeș-Bolyai
> University of Cluj-Napoca. This information is intended solely for the
> addressee, natural or legal person, and is legally protected from
> disclosure and may not be used by anyone other than the intended recipient.
> If you are not the intended recipient of this message, or if this message
> has been addressed to you in error, please immediately alert the sender by
> reply email and then delete this message and any attachments. You are
> hereby notified that any use, dissemination, copying, or storage of this
> message or its attachments as well as taking any action in reliance on the
> contents of this information is strictly prohibited and entails civil
> and/or criminal liability (under Art. 302 of the New Criminal Code). UBB
> accepts no liability for any errors or omissions in the contents of this
> message. Email transmission cannot be guaranteed to be secure or
> error-free, as information could be intercepted, corrupted, lost,
> destroyed, arrive late or incomplete, or contain viruses.
> UBBCLUJ <https://www.ubbcluj.ro/ro/politici/>
>
> _______________________________________________
> PyMOL-users mailing list
> Archives: http://www.mail-archive.com/pym...@li...
> Unsubscribe:
> https://sourceforge.net/projects/pymol/lists/pymol-users/unsubscribe
>