Dear all,

I was playing with cealign in PyMOL and noticed the following discrepancy:

Results using cealign from PyMOL:

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PyMOL>load 1fsz.pdb

PyMOL>load 1tub.pdb

PyMOL>cealign (1fsz and chain A), (1tub and chain A)

RMSD 4.423531 over 272 residues

--- < snip > ---

vs. results using jCE from the RCSB webpage (rmsd 3.22 over 305 residues):

http://www.rcsb.org/pdb/workbench/showPrecalcAlignment.do?action=pw_ce&name1=1FSZ.A&name2=1TUB.A

Am I doing something wrong? Am I missing something? If this is not the case, why are the results substantially different?

Thanks for any help,

Dirk

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Dr. Dirk Reinert

Boehringer Ingelheim Pharma GmbH & Co. KG

Dept. Lead Identific. and Optim. Sup. Ge

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Boehringer Ingelheim Pharma GmbH & Co. KG, Sitz: Ingelheim am Rhein; Registergericht Mainz: HR A 22206; Komplementär Boehringer Ingelheim Deutschland GmbH; Geschäftsführung: Dr. Engelbert Günster (Vorsitzender), Ursula Fuggis-Hahn, Ralf Gorniak, Michael Klein, Dr. Martin Wanning; Vorsitzender des Aufsichtsrates: Prof. Dr. Dr. Andreas Barner; Sitz: Ingelheim am Rhein; Registergericht Mainz: HR B 23260

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