File	Date	Author	Commit
analysis	2014-09-26	Robert Nowak	[696ec9] init hg repository
documentation	2016-03-09	Robert Nowak	[a955c4] odnoscik do dzialajacego serwera
implementation	2015-11-06	Robert Nowak	[abaf5f] inna informacja o wersjach
mgmt	2015-07-16	Robert Nowak	[ce5c4e] zadania pr inz
tags	2014-09-26	Robert Nowak	[696ec9] init hg repository
.hgignore	2015-07-16	Robert Nowak	[108962] ignore scons db
nullhap.pro	2015-07-13	michalkrawczak	[7bf08c] Liczne poprawki; dodana wielowatkowosc, zmodyfi...
readme.txt	2015-11-06	Robert Nowak	[aad421] instrukcja po restarcie komputera

Read Me

OPIS
====

Aplikacja przydatna dla wykrywania pokrewieñstw pomiêdzy osobnikami.
Znajduje maksymalnie prawdopodobny ukġad haplotypów (rozmieszczenia alleli na haplotypach).
Uwzglêdnia tak zwane nieme allele.

Projekt realizowany w Pracowni Sztucznej Inteligencji, PW na razie jako prace wġasne.

INSTRUKCJA INSTALACJI DLA UBUNTU
====
 
1. Pobrać i zainstalować mt4cpp i faif:
http://sourceforge.net/projects/mt4cpp/
http://sourceforge.net/projects/faif/

2. Zainstalować niezbędne pakiety:
sudo apt-get install scons lighttpd git python python-pip python-dev libboost-dev libboost-python-dev libboost-test-dev libboost-thread-dev libboost-program-options-dev libboost-system-dev build-dep python-psycopg2 g++ nodejs mercurial npm

2a. Zainstalować pakiety python:
sudp pip install django django-cors-headers psycopg2 simplejson

3. Utworzyć bazę i konto użytkownika:
sudo -u postgres createuser --no-superuser --createdb --no-createrole mydb
sudo -u postgres createdb -O mydb mydb
sudo -u postgres psql -c "alter user mydb with encrypted password 'mydb';"

3a. Sprawdzić połączenie z bazą danych: psql mydb -U mydb
Jeżeli wystąpił błąd: "psql: FATAL:  Peer authentication failed for user "mydb"" należy edytować /etc/postgresql/NUMER_WERSJI/main/pg_hba.conf (gdzie NUMER_WERSJI to wersja PostgreSQL)
a następnie w linii "local all all peer" zmienić 'peer' na 'md5'. Po wprowadzeniu zmiany, zrestartować serwer: "/etc/init.d/postgresql restart" (lub "sudo service postgresql restart")

4. Zbudować aplikację: 
scons

5. Wykonać migracje bazy danych:
scons syncdb=1

6. Uruchomić serwer:
scons r=l

PO RESTARCIE SERWERA
======================
Po restarcie serwera należy wykonać:
1. su
2. cd /home/nulhap/nullhap-code/implementation
3.. scons r=d
3a. jeźeli wyświetli się "port 80 already in use", to znaczy, że
lighttpd uruchomił się ze startem systemu z domyślnymi ustawieniami,
należy znaleźć jego pid ("ps aux | less" -> serwer jest pod nazwą
www-data) i zamknąć po poleceniem "kill -9 pid". Następnie należy
jeszcze raz wykonać "scons r=d"

Polecenie scons uruchamia django oraz lighttpd. PostreSQL uruchomia
się sam ze startem maszyny.