[MUMmer-help] question about results -

[Bruna P. S. <bru...@em...>]

Please, I got some results using "nucmer" comparing 2 fungus

nucmer -o -p output /home/bruna/Downloads/TrireR....fasta
/home/bruna/Downloads/GCA_00331..fna

and the results just showed me 4 "TAGS" >80% of identity.

    [S1]     [E1]  |     [S2]     [E2]  |  [LEN 1]  [LEN 2]  |  [% IDY]  |
[TAGS]
=====================================================================================
  132933   133217  |      545      803  |      285      259  |    83.86  |
scaffold_36  QMFI01009651.1
  311581   311663  |    21556    21474  |       83       83  |    98.80  |
scaffold_7   QMFI01002420.1
  311582   311663  |    21573    21492  |       82       82  |    98.78  |
scaffold_7   QMFI01002420.1
  153258   153397  |     5177     5038  |      140      140  |    87.32  |
scaffold_8   QMFI01000981.1

Should I interpret that both genomes have *only *those "pieces" in common?
I mean, what's statistics tells me about the *general idea* of
homology/similarity between both?

Running
mummer -b -mumreference stdout repeat-match <ref 1> <ref2>

I also did not understand what number would tell me this.


Many thanks! Nice project!
*Bruna Pena Sollero*
Zootecnista, M.S., D.Sc.
Pesquisadora A

Laboratório de Bioinformática (LBI)
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia
--
Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Embrapa
Parque Estação Biológica - PqEB s/nº.
Brasília, DF - Brasil - CEP 70770-901

-- 
__________________________
Aviso de confidencialidade

Esta mensagem da 
Empresa  Brasileira de Pesquisa  Agropecuaria (Embrapa), empresa publica 
federal  regida pelo disposto  na Lei Federal no. 5.851,  de 7 de dezembro 
de 1972,  e  enviada exclusivamente  a seu destinatario e pode conter 
informacoes  confidenciais, protegidas  por sigilo profissional.  Sua 
utilizacao desautorizada  e ilegal e  sujeita o infrator as penas da lei. 
Se voce  a recebeu indevidamente, queira, por gentileza, reenvia-la ao 
emitente, esclarecendo o equivoco.

Confidentiality note

This message from 
Empresa  Brasileira de Pesquisa  Agropecuaria (Embrapa), a government 
company  established under  Brazilian law (5.851/72), is directed 
exclusively to  its addressee  and may contain confidential data,  
protected under  professional secrecy  rules. Its unauthorized  use is 
illegal and  may subject the transgressor to the law's penalties. If you 
are not the addressee, please send it back, elucidating the failure.