In der Filter-Tab des PlugIns werden die xml-Datei-Pfade relativ zum Eclipse-Projekt-Root-Verzeichnis ausgewertet, während im Testrunner relativ zu dem Eclipse-Project-Classpath ausgewertet wird.
maven hat die resourcen unter src/main/resources, sodaß die Filtertab die importierten Datei-Pfade (die ohne src/main/resources angegeben sind) nicht findet.
Die XML-Dateipfade werden relativ zum Startverzeichnis des Testrunners gelesen. Nicht relativ zum Verzeichnis der Konfiguration und nicht relativ zum Verzeichnis der top-level-Dateibeschreibung. Die importierten Dateien werden auf allen Pfaden gesucht, die in der configuration.xml als "inputpath" angegeben sind, wobei diese "inputpaths" relativ zum Startverzeichnis des Testrunners sind.
Beim Filtertab werden die XML-Dateipfade relativ zum angegebenen Projekt gelesen. Bei der direkten Angabe einer InputDatei (ohne Configuration.xml) fehlen ggfs. die Informationen über "inputpaths", so dass importierte Dateien nicht gefunden werden können.
Bitte fügen Sie doch einmal ein paar Details zur Projektstruktur, eine Kopie der configuration.xml und ein Screenshot vom Launch-Configuration Dialog (iValidator-Tab) an, damit wir das Problem besser nachvollziehen können.