[Gemlibrary-announcements] Help on colorspace data

[Elferink, M.G. <M.E...@um...>]

Dear All,

First of all my compliments for the GEM aligner. Very impressive tool!
However, I have a question regarding mapping of colorspace data (Solid 5500XL).

Indexing the reference genome in colorspace (gem-indexer -i [genome.fasta] -o Genome_output -t 4 --colorspace --complement no) seems to work fine. However, mapping is not working properly (gem-mapper -I Genome_output.gem -i  [file.fastq] -o [output.gem] -q offset-33 -m 2).

I wonder in which format the colorspace fastq file should be. With this I mean true colorspace (e.g. T3232232323322002323) or 'converted' basespace (e.g.  TAGCTCGATCGCTCCCTAGC based on the colorspace read T3232232323322002323), or something like pseudo-basespace? However, none of them seem to work properly. Am I doing something wrong here?

Many thanks for your answers!

Greetz,


Martin Elferink
Postdoc Bioinformatician,
UMC Utrecht, the Netherlands





------------------------------------------------------------------------------

De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is
uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht
ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct
te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch
Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de W.H.W.
(Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd bij
de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197.

Denk s.v.p aan het milieu voor u deze e-mail afdrukt.

------------------------------------------------------------------------------

This message may contain confidential information and is intended exclusively
for the addressee. If you receive this message unintentionally, please do not
use the contents but notify the sender immediately by return e-mail. University
Medical Center Utrecht is a legal person by public law and is registered at
the Chamber of Commerce for Midden-Nederland under no. 30244197.

Please consider the environment before printing this e-mail.