[DL-Learner SVN] SF.net SVN: dl-learner:[2187] trunk/examples

[<hee...@us...>]

Revision: 2187
          http://dl-learner.svn.sourceforge.net/dl-learner/?rev=2187&view=rev
Author:   heeroyuy
Date:     2010-07-05 14:59:23 +0000 (Mon, 05 Jul 2010)

Log Message:
-----------
-added conf files for mutagenesis and suramin ontology
-added missing prolog files for mutagenesis knowledge base
-added prolog files for alzheimer knowledge base

Modified Paths:
--------------
    trunk/examples/mutagenesis/prolog/ring_theory.pl

Added Paths:
-----------
    trunk/examples/alzheimer/
    trunk/examples/alzheimer/prolog/
    trunk/examples/alzheimer/prolog/amine_uptake/
    trunk/examples/alzheimer/prolog/amine_uptake/d_alz_ne.b
    trunk/examples/alzheimer/prolog/amine_uptake/ne.f
    trunk/examples/alzheimer/prolog/amine_uptake/ne.n
    trunk/examples/alzheimer/prolog/choline/
    trunk/examples/alzheimer/prolog/choline/d_alz_inh.b
    trunk/examples/alzheimer/prolog/choline/inh.f
    trunk/examples/alzheimer/prolog/choline/inh.n
    trunk/examples/alzheimer/prolog/d_alz.b
    trunk/examples/alzheimer/prolog/nd_alz.b
    trunk/examples/alzheimer/prolog/scopolamine/
    trunk/examples/alzheimer/prolog/scopolamine/d_alz_rsd.b
    trunk/examples/alzheimer/prolog/scopolamine/rsd.f
    trunk/examples/alzheimer/prolog/scopolamine/rsd.n
    trunk/examples/alzheimer/prolog/toxic/
    trunk/examples/alzheimer/prolog/toxic/d_alz_toxic.b
    trunk/examples/alzheimer/prolog/toxic/toxic.f
    trunk/examples/alzheimer/prolog/toxic/toxic.n
    trunk/examples/mutagenesis/prolog/188/
    trunk/examples/mutagenesis/prolog/188/s1.pl
    trunk/examples/mutagenesis/prolog/188/s10.pl
    trunk/examples/mutagenesis/prolog/188/s2.pl
    trunk/examples/mutagenesis/prolog/188/s3.pl
    trunk/examples/mutagenesis/prolog/188/s4.pl
    trunk/examples/mutagenesis/prolog/188/s5.pl
    trunk/examples/mutagenesis/prolog/188/s6.pl
    trunk/examples/mutagenesis/prolog/188/s7.pl
    trunk/examples/mutagenesis/prolog/188/s8.pl
    trunk/examples/mutagenesis/prolog/188/s9.pl
    trunk/examples/mutagenesis/prolog/42/
    trunk/examples/mutagenesis/prolog/42/all.pl
    trunk/examples/mutagenesis/train1.conf
    trunk/examples/mutagenesis/train2.conf
    trunk/examples/suramin/train.conf

Added: trunk/examples/alzheimer/prolog/amine_uptake/d_alz_ne.b
===================================================================
--- trunk/examples/alzheimer/prolog/amine_uptake/d_alz_ne.b	                        (rev 0)
+++ trunk/examples/alzheimer/prolog/amine_uptake/d_alz_ne.b	2010-07-05 14:59:23 UTC (rev 2187)
@@ -0,0 +1,37 @@
+% determinations for background knowledge
+% determinate version
+
+!- determination(great_ne/2,x_subst/3).
+!- determination(great_ne/2,alk_groups/2).
+!- determination(great_ne/2,r_subst_1/2).
+!- determination(great_ne/2,r_subst_2/2).
+!- determination(great_ne/2,r_subst_3/2).
+!- determination(great_ne/2,ring_substitutions/2).
+!- determination(great_ne/2,ring_subst_1/2).
+!- determination(great_ne/2,ring_subst_2/2).
+!- determination(great_ne/2,ring_subst_3/2).
+!- determination(great_ne/2,ring_subst_4/2).
+!- determination(great_ne/2,ring_subst_5/2).
+!- determination(great_ne/2,ring_subst_6/2).
+!- determination(great_ne/2,n_val/2).
+!- determination(great_ne/2,polar/2).
+!- determination(great_ne/2,size/2).
+!- determination(great_ne/2,flex/2).
+!- determination(great_ne/2,h_doner/2).
+!- determination(great_ne/2,h_acceptor/2).
+!- determination(great_ne/2,pi_doner/2).
+!- determination(great_ne/2,pi_acceptor/2).
+!- determination(great_ne/2,polarisable/2).
+!- determination(great_ne/2,sigma/2).
+!- determination(great_ne/2,gt/2).
+!- determination(great_ne/2,great_polar/2).
+!- determination(great_ne/2,great_size/2).
+!- determination(great_ne/2,great_flex/2).
+!- determination(great_ne/2,great_h_don/2).
+!- determination(great_ne/2,great_h_acc/2).
+!- determination(great_ne/2,great_pi_don/2).
+!- determination(great_ne/2,great_pi_acc/2).
+!- determination(great_ne/2,great_polari/2).
+!- determination(great_ne/2,great_sigma/2).
+
+!- read(back,d_alz).

Added: trunk/examples/alzheimer/prolog/amine_uptake/ne.f
===================================================================
--- trunk/examples/alzheimer/prolog/amine_uptake/ne.f	                        (rev 0)
+++ trunk/examples/alzheimer/prolog/amine_uptake/ne.f	2010-07-05 14:59:23 UTC (rev 2187)
@@ -0,0 +1,343 @@
+great_ne(b1,a1).
+great_ne(b1,c1).
+great_ne(b1,h1).
+great_ne(b1,i1).
+great_ne(b1,ff1).
+great_ne(f1,a1).
+great_ne(f1,c1).
+great_ne(f1,h1).
+great_ne(f1,i1).
+great_ne(f1,ff1).
+great_ne(k1,a1).
+great_ne(k1,b1).
+great_ne(k1,c1).
+great_ne(k1,f1).
+great_ne(k1,h1).
+great_ne(k1,i1).
+great_ne(k1,m1).
+great_ne(k1,v1).
+great_ne(k1,w1).
+great_ne(k1,x1).
+great_ne(k1,y1).
+great_ne(k1,ff1).
+great_ne(k1,ii1).
+great_ne(m1,a1).
+great_ne(m1,b1).
+great_ne(m1,c1).
+great_ne(m1,f1).
+great_ne(m1,h1).
+great_ne(m1,i1).
+great_ne(m1,v1).
+great_ne(m1,w1).
+great_ne(m1,y1).
+great_ne(m1,ff1).
+great_ne(m1,ii1).
+great_ne(p1,a1).
+great_ne(p1,b1).
+great_ne(p1,c1).
+great_ne(p1,f1).
+great_ne(p1,h1).
+great_ne(p1,i1).
+great_ne(p1,k1).
+great_ne(p1,m1).
+great_ne(p1,t1).
+great_ne(p1,u1).
+great_ne(p1,v1).
+great_ne(p1,w1).
+great_ne(p1,x1).
+great_ne(p1,y1).
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+great_ne(q1,i1).
+great_ne(q1,k1).
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+great_ne(q1,x1).
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+great_ne(t1,k1).
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+great_ne(t1,v1).
+great_ne(t1,w1).
+great_ne(t1,x1).
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+great_ne(u1,k1).
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+great_ne(u1,w1).
+great_ne(u1,x1).
+great_ne(u1,y1).
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+great_ne(u1,ee1).
+great_ne(u1,ff1).
+great_ne(u1,hh1).
+great_ne(u1,ii1).
+great_ne(u1,jj1).
+great_ne(u1,kk1).
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+great_ne(v1,b1).
+great_ne(v1,c1).
+great_ne(v1,f1).
+great_ne(v1,h1).
+great_ne(v1,i1).
+great_ne(v1,w1).
+great_ne(v1,y1).
+great_ne(v1,ff1).
+great_ne(v1,ii1).
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+great_ne(w1,b1).
+great_ne(w1,c1).
+great_ne(w1,f1).
+great_ne(w1,h1).
+great_ne(w1,i1).
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+great_ne(x1,h1).
+great_ne(x1,i1).
+great_ne(x1,v1).
+great_ne(x1,w1).
+great_ne(x1,y1).
+great_ne(x1,ff1).
+great_ne(x1,ii1).
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+great_ne(y1,b1).
+great_ne(y1,c1).
+great_ne(y1,f1).
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+great_ne(z1,y1).
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+great_ne(z1,bb1).
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Added: trunk/examples/alzheimer/prolog/amine_uptake/ne.n
===================================================================
--- trunk/examples/alzheimer/prolog/amine_uptake/ne.n	                        (rev 0)
+++ trunk/examples/alzheimer/prolog/amine_uptake/ne.n	2010-07-05 14:59:23 UTC (rev 2187)
@@ -0,0 +1,343 @@
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+great_ne(h1,f1).
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Added: trunk/examples/alzheimer/prolog/choline/d_alz_inh.b
===================================================================
--- trunk/examples/alzheimer/prolog/choline/d_alz_inh.b	                        (rev 0)
+++ trunk/examples/alzheimer/prolog/choline/d_alz_inh.b	2010-07-05 14:59:23 UTC (rev 2187)
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+
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+!- determination(great/2,great_size/2).
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+!- determination(great/2,great_pi_acc/2).
+!- determination(great/2,great_polari/2).
+!- determination(great/2,great_sigma/2).
+
+!- read(back,d_alz).

Added: trunk/examples/alzheimer/prolog/choline/inh.f
===================================================================
--- trunk/examples/alzheimer/prolog/choline/inh.f	                        (rev 0)
+++ trunk/examples/alzheimer/prolog/choline/inh.f	2010-07-05 14:59:23 UTC (rev 2187)
@@ -0,0 +1,663 @@
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Added: trunk/examples/alzheimer/prolog/choline/inh.n
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--- trunk/examples/alzheimer/prolog/choline/inh.n	                        (rev 0)
+++ trunk/examples/alzheimer/prolog/choline/inh.n	2010-07-05 14:59:23 UTC (rev 2187)
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+great(p1,aa1).
+great(s1,aa1).
+great(t1,aa1).
+great(w1,aa1).
+great(ll1,aa1).
+great(b1,bb1).
+great(m1,bb1).
+great(n1,bb1).
+great(o1,bb1).
+great(p1,bb1).
+great(s1,bb1).
+great(t1,bb1).
+great(w1,bb1).
+great(x1,bb1).
+great(aa1,bb1).
+great(ll1,bb1).
+great(b1,cc1).
+great(m1,cc1).
+great(n1,cc1).
+great(o1,cc1).
+great(p1,cc1).
+great(s1,cc1).
+great(t1,cc1).
+great(v1,cc1).
+great(w1,cc1).
+great(x1,cc1).
+great(aa1,cc1).
+great(bb1,cc1).
+great(dd1,cc1).
+great(ee1,cc1).
+great(kk1,cc1).
+great(ll1,cc1).
+great(b1,dd1).
+great(m1,dd1).
+great(n1,dd1).
+great(o1,dd1).
+great(p1,dd1).
+great(s1,dd1).
+great(t1,dd1).
+great(v1,dd1).
+great(w1,dd1).
+great(x1,dd1).
+great(aa1,dd1).
+great(bb1,dd1).
+great(ee1,dd1).
+great(kk1,dd1).
+great(ll1,dd1).
+great(b1,ee1).
+great(m1,ee1).
+great(n1,ee1).
+great(o1,ee1).
+great(p1,ee1).
+great(s1,ee1).
+great(t1,ee1).
+great(w1,ee1).
+great(x1,ee1).
+great(aa1,ee1).
+great(bb1,ee1).
+great(kk1,ee1).
+great(ll1,ee1).
+great(b1,ff1).
+great(i1,ff1).
+great(m1,ff1).
+great(n1,ff1).
+great(o1,ff1).
+great(p1,ff1).
+great(r1,ff1).
+great(s1,ff1).
+great(t1,ff1).
+great(u1,ff1).
+great(v1,ff1).
+great(w1,ff1).
+great(x1,ff1).
+great(aa1,ff1).
+great(bb1,ff1).
+great(cc1,ff1).
+great(dd1,ff1).
+great(ee1,ff1).
+great(kk1,ff1).
+great(ll1,ff1).
+great(a1,hh1).
+great(b1,hh1).
+great(d1,hh1).
+great(e1,hh1).
+great(g1,hh1).
+great(h1,hh1).
+great(i1,hh1).
+great(j1,hh1).
+great(k1,hh1).
+great(l1,hh1).
+great(m1,hh1).
+great(n1,hh1).
+great(o1,hh1).
+great(p1,hh1).
+great(q1,hh1).
+great(r1,hh1).
+great(s1,hh1).
+great(t1,hh1).
+great(u1,hh1).
+great(v1,hh1).
+great(w1,hh1).
+great(x1,hh1).
+great(y1,hh1).
+great(z1,hh1).
+great(aa1,hh1).
+great(bb1,hh1).
+great(cc1,hh1).
+great(dd1,hh1).
+great(ee1,hh1).
+great(ff1,hh1).
+great(jj1,hh1).
+great(kk1,hh1).
+great(ll1,hh1).
+great(a1,ii1).
+great(b1,ii1).
+great(d1,ii1).
+great(e1,ii1).
+great(g1,ii1).
+great(h1,ii1).
+great(i1,ii1).
+great(j1,ii1).
+great(k1,ii1).
+great(l1,ii1).
+great(m1,ii1).
+great(n1,ii1).
+great(o1,ii1).
+great(p1,ii1).
+great(q1,ii1).
+great(r1,ii1).
+great(s1,ii1).
+great(t1,ii1).
+great(u1,ii1).
+great(v1,ii1).
+great(w1,ii1).
+great(x1,ii1).
+great(y1,ii1).
+great(z1,ii1).
+great(aa1,ii1).
+great(bb1,ii1).
+great(cc1,ii1).
+great(dd1,ii1).
+great(ee1,ii1).
+great(ff1,ii1).
+great(hh1,ii1).
+great(jj1,ii1).
+great(kk1,ii1).
+great(ll1,ii1).
+great(b1,jj1).
+great(i1,jj1).
+great(m1,jj1).
+great(n1,jj1).
+great(o1,jj1).
+great(p1,jj1).
+great(q1,jj1).
+great(r1,jj1).
+great(s1,jj1).
+great(t1,jj1).
+great(u1,jj1).
+great(v1,jj1).
+great(w1,jj1).
+great(x1,jj1).
+great(y1,jj1).
+great(aa1,jj1).
+great(bb1,jj1).
+great(cc1,jj1).
+great(dd1,jj1).
+great(ee1,jj1).
+great(ff1,jj1).
+great(kk1,jj1).
+great(ll1,jj1).
+great(b1,kk1).
+great(m1,kk1).
+great(n1,kk1).
+great(o1,kk1).
+great(p1,kk1).
+great(s1,kk1).
+great(t1,kk1).
+great(w1,kk1).
+great(x1,kk1).
+great(aa1,kk1).
+great(bb1,kk1).
+great(ll1,kk1).
+great(n1,ll1).

Added: trunk/examples/alzheimer/prolog/d_alz.b
===================================================================
--- trunk/examples/alzheimer/prolog/d_alz.b	                        (rev 0)
+++ trunk/examples/alzheimer/prolog/d_alz.b	2010-07-05 14:59:23 UTC (rev 2187)
@@ -0,0 +1,719 @@
+% alzheimer's data from j. med chem
+% determinate background knowledge
+
+%!- mode(x_subst(+,-,-)).
+%!- mode(alk_groups(+,-)).
+%!- mode(r_subst_1(+,-)).
+%!- mode(r_subst_2(+,-)).
+%!- mode(r_subst_3(+,-)).
+%!- mode(ring_substitutions(+,-)).
+%!- mode(ring_subst_1(+,-)).
+%!- mode(ring_subst_2(+,-)).
+%!- mode(ring_subst_3(+,-)).
+%!- mode(ring_subst_4(+,-)).
+%!- mode(ring_subst_5(+,-)).
+%!- mode(ring_subst_6(+,-)).
+%!- mode(polar(+,-)).
+%!- mode(size(+,-)).
+%!- mode(flex(+,-)).
+%!- mode(h_doner(+,-)).
+%!- mode(h_acceptor(+,-)).
+%!- mode(pi_doner(+,-)).
+%!- mode(pi_acceptor(+,-)).
+%!- mode(polarisable(+,-)).
+%!- mode(sigma(+,-)).
+%!- mode(n_val(+,-)).
+%!- mode(subs(+,-)).
+%!- mode(group(+,-)).
+
+
+% polarities etc.
+
+polar(ch3,polar0).
+% the formula N(CH3)2 can be represented as a list
+% polar([n,group(ch3,2)],polar1).
+% or as any other 2-arity function
+polar(bond(n,group(ch3,2)),polar1).
+polar(och3,polar2).
+polar(cf3,polar3).
+polar(cl,polar3).
+polar(f,polar5).
+
+size(ch3,size1).
+size(cl,size1).
+size(f,size1).
+size(cf3,size1).
+% size([n,group(ch3,2)],size2).
+size(bond(n,group(ch3,2)),size2).
+size(och3,size2).
+
+
+flex(f,flex0).
+flex(ch3,flex0).
+flex(cl,flex0).
+flex(cf3,flex0).
+flex(och3,flex1).
+% flex([n,group(ch3,2)],flex0).
+flex(bond(n,group(ch3,2)),flex0).
+
+h_doner(f,h_don0).
+h_doner(ch3,h_don0).
+h_doner(cf3,h_don0).
+h_doner(och3,h_don0).
+h_doner(cl,h_don0).
+% h_doner([n,group(ch3,2)],h_don0).
+h_doner(bond(n,group(ch3,2)),h_don0).
+
+h_acceptor(ch3,h_acc0).
+h_acceptor(cl,h_acc0).
+h_acceptor(cf3,h_acc0).
+h_acceptor(f,h_acc1).
+% h_acceptor([n,group(ch3,2)],h_acc1).
+h_acceptor(bond(n,group(ch3,2)),h_acc1).
+h_acceptor(och3,h_acc1).
+
+pi_doner(ch3,pi_don0).
+pi_doner(cf3,pi_don0).
+pi_doner(f,pi_don0).
+pi_doner(cl,pi_don0).
+pi_doner(och3,pi_don1).
+% pi_doner([n,group(ch3,2)],pi_don2).
+pi_doner(bond(n,group(ch3,2)),pi_don2).
+
+pi_acceptor(f,pi_acc0).
+pi_acceptor(ch3,pi_acc0).
+pi_acceptor(cl,pi_acc0).
+% pi_acceptor([n,group(ch3,2)],pi_acc0).
+pi_acceptor(bond(n,group(ch3,2)),pi_acc0).
+pi_acceptor(och3,pi_acc0).
+pi_acceptor(cf3,pi_acc0).
+
+polarisable(cf3,polari0).
+polarisable(f,polari0).
+polarisable(ch3,polari1).
+polarisable(cl,polari1).
+% polarisable([n,group(ch3,2)],polari1).
+polarisable(bond(n,group(ch3,2)),polari1).
+polarisable(och3,polari1).
+
+sigma(ch3,sigma0).
+% sigma([n,group(ch3,2)],sigma1).
+sigma(bond(n,group(ch3,2)),sigma1).
+sigma(och3,sigma1).
+sigma(cl,sigma3).
+sigma(cf3,sigma3).
+sigma(f,sigma5).
+
+gt(1,0).
+gt(2,0).
+gt(3,0).
+gt(4,0).
+gt(2,1).
+gt(3,1).
+gt(4,1).
+gt(3,2).
+gt(4,2).
+gt(4,3).
+
+great_polar(polar1,polar0).
+great_polar(polar2,polar0).
+great_polar(polar3,polar0).
+great_polar(polar4,polar0).
+great_polar(polar5,polar0).
+great_polar(polar6,polar0).
+great_polar(polar7,polar0).
+great_polar(polar8,polar0).
+great_polar(polar9,polar0).
+great_polar(polar2,polar1).
+great_polar(polar3,polar1).
+great_polar(polar4,polar1).
+great_polar(polar5,polar1).
+great_polar(polar6,polar1).
+great_polar(polar7,polar1).
+great_polar(polar8,polar1).
+great_polar(polar9,polar1).
+great_polar(polar3,polar2).
+great_polar(polar4,polar2).
+great_polar(polar5,polar2).
+great_polar(polar6,polar2).
+great_polar(polar7,polar2).
+great_polar(polar8,polar2).
+great_polar(polar9,polar2).
+great_polar(polar4,polar3).
+great_polar(polar5,polar3).
+great_polar(polar6,polar3).
+great_polar(polar7,polar3).
+great_polar(polar8,polar3).
+great_polar(polar9,polar3).
+great_polar(polar5,polar4).
+great_polar(polar6,polar4).
+great_polar(polar7,polar4).
+great_polar(polar8,polar4).
+great_polar(polar9,polar4).
+great_polar(polar6,polar5).
+great_polar(polar7,polar5).
+great_polar(polar8,polar5).
+great_polar(polar9,polar5).
+great_polar(polar7,polar6).
+great_polar(polar8,polar6).
+great_polar(polar9,polar6).
+great_polar(polar8,polar7).
+great_polar(polar9,polar7).
+great_polar(polar9,polar8).
+
+great_size(size1,size0).
+great_size(size2,size0).
+great_size(size3,size0).
+great_size(size4,size0).
+great_size(size5,size0).
+great_size(size6,size0).
+great_size(size7,size0).
+great_size(size8,size0).
+great_size(size9,size0).
+great_size(size2,size1).
+great_size(size3,size1).
+great_size(size4,size1).
+great_size(size5,size1).
+great_size(size6,size1).
+great_size(size7,size1).
+great_size(size8,size1).
+great_size(size9,size1).
+great_size(size3,size2).
+great_size(size4,size2).
+great_size(size5,size2).
+great_size(size6,size2).
+great_size(size7,size2).
+great_size(size8,size2).
+great_size(size9,size2).
+great_size(size4,size3).
+great_size(size5,size3).
+great_size(size6,size3).
+great_size(size7,size3).
+great_size(size8,size3).
+great_size(size9,size3).
+great_size(size5,size4).
+great_size(size6,size4).
+great_size(size7,size4).
+great_size(size8,size4).
+great_size(size9,size4).
+great_size(size6,size5).
+great_size(size7,size5).
+great_size(size8,size5).
+great_size(size9,size5).
+great_size(size7,size6).
+great_size(size8,size6).
+great_size(size9,size6).
+great_size(size8,size7).
+great_size(size9,size7).
+great_size(size9,size8).
+
+great_flex(flex1,flex0).
+great_flex(flex2,flex0).
+great_flex(flex3,flex0).
+great_flex(flex4,flex0).
+great_flex(flex5,flex0).
+great_flex(flex6,flex0).
+great_flex(flex7,flex0).
+great_flex(flex8,flex0).
+great_flex(flex9,flex0).
+great_flex(flex2,flex1).
+great_flex(flex3,flex1).
+great_flex(flex4,flex1).
+great_flex(flex5,flex1).
+great_flex(flex6,flex1).
+great_flex(flex7,flex1).
+great_flex(flex8,flex1).
+great_flex(flex9,flex1).
+great_flex(flex3,flex2).
+great_flex(flex4,flex2).
+great_flex(flex5,flex2).
+great_flex(flex6,flex2).
+great_flex(flex7,flex2).
+great_flex(flex8,flex2).
+great_flex(flex9,flex2).
+great_flex(flex4,flex3).
+great_flex(flex5,flex3).
+great_flex(flex6,flex3).
+great_flex(flex7,flex3).
+great_flex(flex8,flex3).
+great_flex(flex9,flex3).
+great_flex(flex5,flex4).
+great_flex(flex6,flex4).
+great_flex(flex7,flex4).
+great_flex(flex8,flex4).
+great_flex(flex9,flex4).
+great_flex(flex6,flex5).
+great_flex(flex7,flex5).
+great_flex(flex8,flex5).
+great_flex(flex9,flex5).
+great_flex(flex7,flex6).
+great_flex(flex8,flex6).
+great_flex(flex9,flex6).
+great_flex(flex8,flex7).
+great_flex(flex9,flex7).
+great_flex(flex9,flex8).
+
+great_h_don(h_don1,h_don0).
+great_h_don(h_don2,h_don0).
+great_h_don(h_don3,h_don0).
+great_h_don(h_don4,h_don0).
+great_h_don(h_don5,h_don0).
+great_h_don(h_don6,h_don0).
+great_h_don(h_don7,h_don0).
+great_h_don(h_don8,h_don0).
+great_h_don(h_don9,h_don0).
+great_h_don(h_don2,h_don1).
+great_h_don(h_don3,h_don1).
+great_h_don(h_don4,h_don1).
+great_h_don(h_don5,h_don1).
+great_h_don(h_don6,h_don1).
+great_h_don(h_don7,h_don1).
+great_h_don(h_don8,h_don1).
+great_h_don(h_don9,h_don1).
+great_h_don(h_don3,h_don2).
+great_h_don(h_don4,h_don2).
+great_h_don(h_don5,h_don2).
+great_h_don(h_don6,h_don2).
+great_h_don(h_don7,h_don2).
+great_h_don(h_don8,h_don2).
+great_h_don(h_don9,h_don2).
+great_h_don(h_don4,h_don3).
+great_h_don(h_don5,h_don3).
+great_h_don(h_don6,h_don3).
+great_h_don(h_don7,h_don3).
+great_h_don(h_don8,h_don3).
+great_h_don(h_don9,h_don3).
+great_h_don(h_don5,h_don4).
+great_h_don(h_don6,h_don4).
+great_h_don(h_don7,h_don4).
+great_h_don(h_don8,h_don4).
+great_h_don(h_don9,h_don4).
+great_h_don(h_don6,h_don5).
+great_h_don(h_don7,h_don5).
+great_h_don(h_don8,h_don5).
+great_h_don(h_don9,h_don5).
+great_h_don(h_don7,h_don6).
+great_h_don(h_don8,h_don6).
+great_h_don(h_don9,h_don6).
+great_h_don(h_don8,h_don7).
+great_h_don(h_don9,h_don7).
+great_h_don(h_don9,h_don8).
+
+
+great_h_acc(h_acc1,h_acc0).
+great_h_acc(h_acc2,h_acc0).
+great_h_acc(h_acc3,h_acc0).
+great_h_acc(h_acc4,h_acc0).
+great_h_acc(h_acc5,h_acc0).
+great_h_acc(h_acc6,h_acc0).
+great_h_acc(h_acc7,h_acc0).
+great_h_acc(h_acc8,h_acc0).
+great_h_acc(h_acc9,h_acc0).
+great_h_acc(h_acc2,h_acc1).
+great_h_acc(h_acc3,h_acc1).
+great_h_acc(h_acc4,h_acc1).
+great_h_acc(h_acc5,h_acc1).
+great_h_acc(h_acc6,h_acc1).
+great_h_acc(h_acc7,h_acc1).
+great_h_acc(h_acc8,h_acc1).
+great_h_acc(h_acc9,h_acc1).
+great_h_acc(h_acc3,h_acc2).
+great_h_acc(h_acc4,h_acc2).
+great_h_acc(h_acc5,h_acc2).
+great_h_acc(h_acc6,h_acc2).
+great_h_acc(h_acc7,h_acc2).
+great_h_acc(h_acc8,h_acc2).
+great_h_acc(h_acc9,h_acc2).
+great_h_acc(h_acc4,h_acc3).
+great_h_acc(h_acc5,h_acc3).
+great_h_acc(h_acc6,h_acc3).
+great_h_acc(h_acc7,h_acc3).
+great_h_acc(h_acc8,h_acc3).
+great_h_acc(h_acc9,h_acc3).
+great_h_acc(h_acc5,h_acc4).
+great_h_acc(h_acc6,h_acc4).
+great_h_acc(h_acc7,h_acc4).
+great_h_acc(h_acc8,h_acc4).
+great_h_acc(h_acc9,h_acc4).
+great_h_acc(h_acc6,h_acc5).
+great_h_acc(h_acc7,h_acc5).
+great_h_acc(h_acc8,h_acc5).
+great_h_acc(h_acc9,h_acc5).
+great_h_acc(h_acc7,h_acc6).
+great_h_acc(h_acc8,h_acc6).
+great_h_acc(h_acc9,h_acc6).
+great_h_acc(h_acc8,h_acc7).
+great_h_acc(h_acc9,h_acc7).
+great_h_acc(h_acc9,h_acc8).
+
+great_pi_don(pi_don1,pi_don0).
+great_pi_don(pi_don2,pi_don0).
+great_pi_don(pi_don3,pi_don0).
+great_pi_don(pi_don4,pi_don0).
+great_pi_don(pi_don5,pi_don0).
+great_pi_don(pi_don6,pi_don0).
+great_pi_don(pi_don7,pi_don0).
+great_pi_don(pi_don8,pi_don0).
+great_pi_don(pi_don9,pi_don0).
+great_pi_don(pi_don2,pi_don1).
+great_pi_don(pi_don3,pi_don1).
+great_pi_don(pi_don4,pi_don1).
+great_pi_don(pi_don5,pi_don1).
+great_pi_don(pi_don6,pi_don1).
+great_pi_don(pi_don7,pi_don1).
+great_pi_don(pi_don8,pi_don1).
+great_pi_don(pi_don9,pi_don1).
+great_pi_don(pi_don3,pi_don2).
+great_pi_don(pi_don4,pi_don2).
+great_pi_don(pi_don5,pi_don2).
+great_pi_don(pi_don6,pi_don2).
+great_pi_don(pi_don7,pi_don2).
+great_pi_don(pi_don8,pi_don2).
+great_pi_don(pi_don9,pi_don2).
+great_pi_don(pi_don4,pi_don3).
+great_pi_don(pi_don5,pi_don3).
+great_pi_don(pi_don6,pi_don3).
+great_pi_don(pi_don7,pi_don3).
+great_pi_don(pi_don8,pi_don3).
+great_pi_don(pi_don9,pi_don3).
+great_pi_don(pi_don5,pi_don4).
+great_pi_don(pi_don6,pi_don4).
+great_pi_don(pi_don7,pi_don4).
+great_pi_don(pi_don8,pi_don4).
+great_pi_don(pi_don9,pi_don4).
+great_pi_don(pi_don6,pi_don5).
+great_pi_don(pi_don7,pi_don5).
+great_pi_don(pi_don8,pi_don5).
+great_pi_don(pi_don9,pi_don5).
+great_pi_don(pi_don7,pi_don6).
+great_pi_don(pi_don8,pi_don6).
+great_pi_don(pi_don9,pi_don6).
+great_pi_don(pi_don8,pi_don7).
+great_pi_don(pi_don9,pi_don7).
+great_pi_don(pi_don9,pi_don8).
+
+great_pi_acc(pi_acc1,pi_acc0).
+great_pi_acc(pi_acc2,pi_acc0).
+great_pi_acc(pi_acc3,pi_acc0).
+great_pi_acc(pi_acc4,pi_acc0).
+great_pi_acc(pi_acc5,pi_acc0).
+great_pi_acc(pi_acc6,pi_acc0).
+great_pi_acc(pi_acc7,pi_acc0).
+great_pi_acc(pi_acc8,pi_acc0).
+great_pi_acc(pi_acc9,pi_acc0).
+great_pi_acc(pi_acc2,pi_acc1).
+great_pi_acc(pi_acc3,pi_acc1).
+great_pi_acc(pi_acc4,pi_acc1).
+great_pi_acc(pi_acc5,pi_acc1).
+great_pi_acc(pi_acc6,pi_acc1).
+great_pi_acc(pi_acc7,pi_acc1).
+great_pi_acc(pi_acc8,pi_acc1).
+great_pi_acc(pi_acc9,pi_acc1).
+great_pi_acc(pi_acc3,pi_acc2).
+great_pi_acc(pi_acc4,pi_acc2).
+great_pi_acc(pi_acc5,pi_acc2).
+great_pi_acc(pi_acc6,pi_acc2).
+great_pi_acc(pi_acc7,pi_acc2).
+great_pi_acc(pi_acc8,pi_acc2).
+great_pi_acc(pi_acc9,pi_acc2).
+great_pi_acc(pi_acc4,pi_acc3).
+great_pi_acc(pi_acc5,pi_acc3).
+great_pi_acc(pi_acc6,pi_acc3).
+great_pi_acc(pi_acc7,pi_acc3).
+great_pi_acc(pi_acc8,pi_acc3).
+great_pi_acc(pi_acc9,pi_acc3).
+great_pi_acc(pi_acc5,pi_acc4).
+great_pi_acc(pi_acc6,pi_acc4).
+great_pi_acc(pi_acc7,pi_acc4).
+great_pi_acc(pi_acc8,pi_acc4).
+great_pi_acc(pi_acc9,pi_acc4).
+great_pi_acc(pi_acc6,pi_acc5).
+great_pi_acc(pi_acc7,pi_acc5).
+great_pi_acc(pi_acc8,pi_acc5).
+great_pi_acc(pi_acc9,pi_acc5).
+great_pi_acc(pi_acc7,pi_acc6).
+great_pi_acc(pi_acc8,pi_acc6).
+great_pi_acc(pi_acc9,pi_acc6).
+great_pi_acc(pi_acc8,pi_acc7).
+great_pi_acc(pi_acc9,pi_acc7).
+great_pi_acc(pi_acc9,pi_acc8).
+
+great_polari(polari1,polari0).
+great_polari(polari2,polari0).
+great_polari(polari3,polari0).
+great_polari(polari4,polari0).
+great_polari(polari5,polari0).
+great_polari(polari6,polari0).
+great_polari(polari7,polari0).
+great_polari(polari8,polari0).
+great_polari(polari9,polari0).
+great_polari(polari2,polari1).
+great_polari(polari3,polari1).
+great_polari(polari4,polari1).
+great_polari(polari5,polari1).
+great_polari(polari6,polari1).
+great_polari(polari7,polari1).
+great_polari(polari8,polari1).
+great_polari(polari9,polari1).
+great_polari(polari3,polari2).
+great_polari(polari4,polari2).
+great_polari(polari5,polari2).
+great_polari(polari6,polari2).
+great_polari(polari7,polari2).
+great_polari(polari8,polari2).
+great_polari(polari9,polari2).
+great_polari(polari4,polari3).
+great_polari(polari5,polari3).
+great_polari(polari6,polari3).
+great_polari(polari7,polari3).
+great_polari(polari8,polari3).
+great_polari(polari9,polari3).
+great_polari(polari5,polari4).
+great_polari(polari6,polari4).
+great_polari(polari7,polari4).
+great_polari(polari8,polari4).
+great_polari(polari9,polari4).
+great_polari(polari6,polari5).
+great_polari(polari7,polari5).
+great_polari(polari8,polari5).
+great_polari(polari9,polari5).
+great_polari(polari7,polari6).
+great_polari(polari8,polari6).
+great_polari(polari9,polari6).
+great_polari(polari8,polari7).
+great_polari(polari9,polari7).
+great_polari(polari9,polari8).
+
+great_sigma(sigma1,sigma0).
+great_sigma(sigma2,sigma0).
+great_sigma(sigma3,sigma0).
+great_sigma(sigma4,sigma0).
+great_sigma(sigma5,sigma0).
+great_sigma(sigma6,sigma0).
+great_sigma(sigma7,sigma0).
+great_sigma(sigma8,sigma0).
+great_sigma(sigma9,sigma0).
+great_sigma(sigma2,sigma1).
+great_sigma(sigma3,sigma1).
+great_sigma(sigma4,sigma1).
+great_sigma(sigma5,sigma1).
+great_sigma(sigma6,sigma1).
+great_sigma(sigma7,sigma1).
+great_sigma(sigma8,sigma1).
+great_sigma(sigma9,sigma1).
+great_sigma(sigma3,sigma2).
+great_sigma(sigma4,sigma2).
+great_sigma(sigma5,sigma2).
+great_sigma(sigma6,sigma2).
+great_sigma(sigma7,sigma2).
+great_sigma(sigma8,sigma2).
+great_sigma(sigma9,sigma2).
+great_sigma(sigma4,sigma3).
+great_sigma(sigma5,sigma3).
+great_sigma(sigma6,sigma3).
+great_sigma(sigma7,sigma3).
+great_sigma(sigma8,sigma3).
+great_sigma(sigma9,sigma3).
+great_sigma(sigma5,sigma4).
+great_sigma(sigma6,sigma4).
+great_sigma(sigma7,sigma4).
+great_sigma(sigma8,sigma4).
+great_sigma(sigma9,sigma4).
+great_sigma(sigma6,sigma5).
+great_sigma(sigma7,sigma5).
+great_sigma(sigma8,sigma5).
+great_sigma(sigma9,sigma5).
+great_sigma(sigma7,sigma6).
+great_sigma(sigma8,sigma6).
+great_sigma(sigma9,sigma6).
+great_sigma(sigma8,sigma7).
+great_sigma(sigma9,sigma7).
+great_sigma(sigma9,sigma8).
+
+% substitution X at positions 6 or 7
+
+x_subst(b1,7,cl).
+x_subst(c1,6,cl).
+x_subst(d1,6,och3).
+x_subst(e1,6,cf3).
+x_subst(f1,6,f).
+x_subst(hh1,6,cl).
+x_subst(ii1,6,cl).
+x_subst(jj1,6,f).
+x_subst(kk1,6,f).
+x_subst(ll1,6,cf3).
+
+% substitution R in middle ring
+% number of alkyl substitutions
+
+alk_groups(a1,0).
+alk_groups(b1,0).
+alk_groups(c1,0).
+alk_groups(d1,0).
+alk_groups(e1,0).
+alk_groups(f1,0).
+alk_groups(g1,0).
+alk_groups(h1,1).
+alk_groups(i1,3).
+alk_groups(j1,2).
+alk_groups(k1,2).
+alk_groups(l1,3).
+alk_groups(m1,4).
+alk_groups(n1,4).
+alk_groups(o1,4).
+alk_groups(p1,1).
+alk_groups(q1,1).
+alk_groups(r1,1).
+alk_groups(s1,1).
+alk_groups(t1,1).
+alk_groups(u1,1).
+alk_groups(v1,1).
+alk_groups(w1,1).
+alk_groups(x1,1).
+alk_groups(y1,1).
+alk_groups(z1,1).
+alk_groups(aa1,1).
+alk_groups(bb1,1).
+alk_groups(cc1,1).
+alk_groups(dd1,1).
+alk_groups(ee1,1).
+alk_groups(ff1,1).
+alk_groups(hh1,1).
+alk_groups(ii1,1).
+alk_groups(jj1,1).
+alk_groups(kk1,1).
+alk_groups(ll1,1).
+
+
+
+
+r_subst_1(a1,h).
+r_subst_1(b1,h).
+r_subst_1(c1,h).
+r_subst_1(d1,h).
+r_subst_1(e1,h).
+r_subst_1(f1,h).
+r_subst_1(g1,h).
+n_val(g1,1).
+
+r_subst_1(h1,single_alk(1)).
+r_subst_1(i1,single_alk(3)).
+r_subst_1(j1,single_alk(2)).
+r_subst_2(j1,bond(n, group(ch3, 2))).
+r_subst_1(k1,single_alk(2)).
+r_subst_2(k1,aro(1)).
+r_subst_1(l1,single_alk(3)).
+r_subst_2(l1,o).
+r_subst_3(l1,aro(1)).
+r_subst_1(m1,single_alk(3)).
+r_subst_2(m1,double_alk(1)).
+r_subst_3(m1,aro(2)).
+r_subst_1(n1,single_alk(3)).
+r_subst_2(n1,double_alk(1)).
+r_subst_3(n1,aro(2)).
+r_subst_1(o1,single_alk(3)).
+r_subst_2(o1,double_alk(1)).
+r_subst_3(o1,aro(2)).
+r_subst_1(p1,single_alk(1)).
+r_subst_2(p1,aro(1)).
+r_subst_1(q1,single_alk(1)).
+r_subst_2(q1,aro(1)).
+r_subst_1(r1,single_alk(1)).
+r_subst_2(r1,aro(1)).
+r_subst_1(s1,single_alk(1)).
+r_subst_2(s1,aro(1)).
+r_subst_1(t1,single_alk(1)).
+r_subst_2(t1,aro(1)).
+r_subst_1(u1,single_alk(1)).
+r_subst_2(u1,aro(1)).
+r_subst_1(v1,single_alk(1)).
+r_subst_2(v1,aro(1)).
+r_subst_1(w1,single_alk(1)).
+r_subst_2(w1,aro(1)).
+r_subst_1(x1,single_alk(1)).
+r_subst_2(x1,aro(1)).
+r_subst_1(y1,single_alk(1)).
+r_subst_2(y1,aro(1)).
+r_subst_1(z1,single_alk(1)).
+r_subst_2(z1,aro(1)).
+r_subst_1(aa1,single_alk(1)).
+r_subst_2(aa1,aro(1)).
+r_subst_1(bb1,single_alk(1)).
+r_subst_2(bb1,aro(1)).
+r_subst_1(cc1,single_alk(1)).
+r_subst_2(cc1,aro(1)).
+r_subst_1(dd1,single_alk(1)).
+r_subst_2(dd1,aro(1)).
+r_subst_1(ee1,single_alk(1)).
+r_subst_2(ee1,aro(1)).
+r_subst_1(ff1,single_alk(1)).
+r_subst_2(ff1,aro(1)).
+r_subst_1(hh1,single_alk(1)).
+r_subst_2(hh1,aro(1)).
+r_subst_1(ii1,single_alk(1)).
+r_subst_2(ii1,aro(1)).
+r_subst_1(jj1,single_alk(1)).
+r_subst_2(jj1,aro(1)).
+r_subst_1(kk1,single_alk(1)).
+r_subst_2(kk1,aro(1)).
+r_subst_1(ll1,single_alk(1)).
+r_subst_2(ll1,aro(1)).
+
+% number of substituents in ring
+% 0 == normal benzene ring
+
+ring_substitutions(k1,0).
+ring_substitutions(l1,0).
+ring_substitutions(m1,0).
+ring_substitutions(n1,1).
+ring_substitutions(o1,1).
+ring_substitutions(p1,0).
+ring_substitutions(q1,1).
+ring_substitutions(r1,1).
+ring_substitutions(s1,1).
+ring_substitutions(t1,1).
+ring_substitutions(u1,1).
+ring_substitutions(v1,1).
+ring_substitutions(w1,1).
+ring_substitutions(x1,1).
+ring_substitutions(y1,1).
+ring_substitutions(z1,1).
+ring_substitutions(aa1,1).
+ring_substitutions(bb1,1).
+ring_substitutions(cc1,1).
+ring_substitutions(dd1,1).
+ring_substitutions(ee1,1).
+ring_substitutions(ff1,5).
+ring_substitutions(hh1,0).
+ring_substitutions(ii1,1).
+ring_substitutions(jj1,0).
+ring_substitutions(kk1,1).
+ring_substitutions(ll1,0).
+
+% substitents in ring
+% ring_subs_Pos(Drug,Substituent)
+
+ring_subst_4(n1,f).
+ring_subst_3(o1,f).
+ring_subst_2(q1,cl).
+ring_subst_3(r1,cl).
+ring_subst_4(s1,cl).
+ring_subst_2(t1,f).
+ring_subst_3(u1,f).
+ring_subst_4(v1,f).
+ring_subst_2(w1,och3).
+ring_subst_3(x1,och3).
+ring_subst_4(y1,och3).
+ring_subst_2(z1,ch3).
+ring_subst_3(aa1,ch3).
+ring_subst_4(bb1,ch3).
+ring_subst_2(cc1,cf3).
+ring_subst_3(dd1,cf3).
+ring_subst_4(ee1,cf3).
+ring_subst_2(ff1,f).
+ring_subst_3(ff1,f).
+ring_subst_4(ff1,f).
+ring_subst_5(ff1,f).
+ring_subst_6(ff1,f).
+ring_subst_4(ii1,f).
+ring_subst_2(kk1,cf3).

Added: trunk/examples/alzheimer/prolog/nd_alz.b
===================================================================
--- trunk/examples/alzheimer/prolog/nd_alz.b	                        (rev 0)
+++ trunk/examples/alzheimer/prolog/nd_alz.b	2010-07-05 14:59:23 UTC (rev 2187)
@@ -0,0 +1,658 @@
+% alzheimer's data from j. med chem
+% non-determinate background knowledge
+
+%!- mode(x_subst(+,-,-)).
+%!- mode(r_subst(+,-,-)).
+%!- mode(ring_struc(+,-)).
+%!- mode(polar(+,-)).
+%!- mode(size(+,-)).
+%!- mode(flex(+,-)).
+%!- mode(h_doner(+,-)).
+%!- mode(h_acceptor(+,-)).
+%!- mode(pi_doner(+,-)).
+%!- mode(pi_acceptor(+,-)).
+%!- mode(polarisable(+,-)).
+%!- mode(sigma(+,-)).
+%!- mode(n_val(+,-)).
+%!- mode(subs(+,-)).
+%!- mode(group(+,-)).
+
+% substitution X at positions 6 or 7
+
+x_subst(b1,7,cl).
+x_subst(c1,6,cl).
+x_subst(d1,6,och3).
+x_subst(e1,6,cf3).
+x_subst(f1,6,f).
+x_subst(hh1,6,cl).
+x_subst(ii1,6,cl).
+x_subst(jj1,6,f).
+x_subst(kk1,6,f).
+x_subst(ll1,6,cf3).
+
+% substitution R in middle ring
+
+r_subst(a1,1,h).
+r_subst(b1,1,h).
+r_subst(c1,1,h).
+r_subst(d1,1,h).
...
 
[truncated message content]