[Denovoassembler-devel] RE : RE : RE : C++ quotes

[Sébastien B. <seb...@ul...>]

Salut Maxime,


Ta productivité en utilisant le "RayPlatform Actor Playground API"
démontre que le modèle des acteurs est supérieur à l'ancien modèle
"monolithique" de RayPlatform.


Ton code:

[boisver1@cp0260-mp2 ray]$ git shortlog master..zorino/assemblyReader
Maxime Déraspe (4):
      added .gitignore for conviviality
      Added 2 classes : SequenceKmerReader (read a fasta file into kmers, GenomeAssemblyReader : the actor to manage the creation of kmers and offloading to the storekeeper
      Changed Mother class to distinguish between a graph reader and a sequence assembly reader
      Added GenomeAssemblyReader and SequenceKmerReader to the Makefile

[boisver1@cp0260-mp2 ray]$ git diff --stat master..zorino/assemblyReader                                                                                                                                          
 .gitignore                             |    5 +
 code/Surveyor/GenomeAssemblyReader.cpp |  256 ++++++++++++++++++++++++++++++++
 code/Surveyor/GenomeAssemblyReader.h   |   89 +++++++++++
 code/Surveyor/Makefile                 |    2 +
 code/Surveyor/Mother.cpp               |   96 +++++++++----
 code/Surveyor/Mother.h                 |    3 +-
 code/Surveyor/SequenceKmerReader.cpp   |  117 +++++++++++++++
 code/Surveyor/SequenceKmerReader.h     |   59 ++++++++
 8 files changed, 599 insertions(+), 28 deletions(-)


Mes commentaires sur ton code:


1. Le copyright dans b/code/Surveyor/GenomeAssemblyReader.cpp doit être Maxime Déraspe 2014 et non 2013.

2. Tu peux remplacer KMER_SIZE par m_parameters->getWordSize(), si ton acteur ne l'a pas,
   donne-lui quelque part dans Mother (proche du spawn()

3. FIRST_TAG de ton AssemblyReader pourrait être différent de 10200 car GraphReader utilise aussi ce
range. En théorie et en pratique, ça ne change rien puisque tes messages sont

4. Il y a du rouge dans GenomeAssemblyReader::startParty avec 'git diff --color'

5. b/code/Surveyor/GenomeAssemblyReader.h doit être Copyright Maxime Déraspe et non Sébastien Boisvert

6. +#define I_LIKE_FAST_IO n'est pas utilisé dans AssemblyReader.h

7. La méthode readKmer dans AssemblyReader doit être privé.

8. Tu peux ajouter si tu veux Copyright ton nom dans Mother.{h,cpp} après le mien.

9. dans Mother::startSurveyor -> ligne xxx il y a un espace de trop avant '}'

10. /SequenceKmerReader.cpp a plein de rouge dans 'git diff --color'

11. Le message de commit de 9d6b4d057a67bafb8bb611ccc1f3a7136693f9fd est trop long. Mais tu peux le laisser
comme ça car c'est difficile à changer.



Tu as juste à implémenter ces changements dans la même branche et ensuite je vais merger.




On 14 février 2014 09:32, Maxime Déraspe [max...@ul...] wrote:
> À : Sébastien Boisvert
> Objet : Re: RE : RE : C++ quotes
>
> On 02/14/2014 06:54 PM, Sébastien Boisvert wrote:
>> On 14 février 2014 08:38, Maxime Déraspe [max...@ul...] wrote:
>>> À : Sébastien Boisvert
>>> Objet : Re: RE : C++ quotes
>>>
>>> Je viens de m'apercevoir que j'avais laisser quelque DEBUG en output...
>>> je vais faire un autre commit.
>>
>> Dis moi le quand c'est prêt à être regardé. (reviewed)<
> https://github.com/Zorino/ray/commits/assemblyReader
> c'est prêt
>>
>>>
>>> On 02/14/2014 05:48 PM, Sébastien Boisvert wrote:
>>>> On 14 février 2014 06:26, Maxime Déraspe [max...@ul...] wrote:
>>>>> À : Sébastien Boisvert
>>>>> Objet : Re: C++ quotes
>>>>>
>>>>> Ca marche enfin mon loader !!
>>>>> Pas mal fier de moi et encore merci pour ton aide !
>>>>> Je vais faire un commit clean pm ou en fds pour que tu puisses reviewé
>>>>> et pushé par par après.
>>>>> Il me reste à le faire plus clean pour donner le parent et enfant au
>>>>> storekeeper et p-e le depth, à moins que ce soit déjà gérer dans le
>>>>> storekeeper. Le depth serait facile à rajouté dans le storekeeper j,ai
>>>>> l'impression, mais parent et enfant serait p-e mieux d'être géré dans le
>>>>> loader.
>>>>> Et dans un futur non déterminé je vais essayer le profiling sur les
>>>>> protéines !!
>>>>> Je commence à prendre goût au c++.
>>>> hehe
>>>>
>>>>> Pourrais tu me rapeller le code que je pourrais me baser pour printé la
>>>>> matrices des couleurs par kmers, soit les échantillons qui les ont.
>>>> Il y a du code qui itère sur les k-mers dans CoverageGatherer.cpp
>>>>
>>>>> Il me faut l'itérateur sur les kmers et ensuite celui sur les couleurs
>>>>> (avec leur tag) si je me rapelle bien.
>>>> Les sommets ont un membre "couleur virtuel"
>>>>
>>>>> Je crois que la matrice de gram est calculé dans Storekeeper ?
>>>> Oui, localement. Synchronisé dans MatrixOwner.
>>>>
>>>>> Pour l'itérateur tu m'avais dit de regarder dans le CoalescenceManager
>>>>> c'est bien ça ?
>>>> Dans CoverageGatherer
>>>>
>>>>> Merci
>>>>>
>>>>> Maxime
>>>>>
>>>>> On 02/13/2014 09:44 PM, Sébastien Boisvert wrote:
>>>>>> http://harmful.cat-v.org/software/c++/
>>>>>>
>>>>>>
>>>>>> Trucs de tous les jours faits en C++ http://www.stroustrup.com/applications.html
>
 
	
	
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