Re: [Denovoassembler-devel] Rencontre RAY-hardware

[Sébastien B. <seb...@ul...>]

Here is a sample dataset for testing the extraction of k-mers using FPGAs.

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/SRS011098

ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR055/SRR055676/SRR055676.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR055/SRR055756/SRR055756.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR056/SRR056894/SRR056894.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR056/SRR056977/SRR056977.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR059/SRR059326/SRR059326.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR059/SRR059327/SRR059327.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR062/SRR062051/SRR062051_1.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR062/SRR062051/SRR062051_2.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR062/SRR062052/SRR062052_1.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR062/SRR062052/SRR062052_2.fastq.gz

On 11/20/2012 09:52 AM, Sébastien Boisvert wrote:
> Le code source sur ohloh:
>
> - http://www.ohloh.net/p/rayplatform
> - http://www.ohloh.net/p/ray-assembler
>
> Le code source sur github:
>
> - https://github.com/sebhtml/RayPlatform/
> - https://github.com/sebhtml/ray
>
>
> Il serait intéressant de voir si l'extraction des mots de longueur k pourraient être
> extrait matériellement.
>
> On 11/14/2012 04:29 PM, Sébastien Boisvert wrote:
>> Bonjour,
>>
>> Je vais visiter (invitation) SciNet (la branche Torontoise de Calcul Canada) les
>> 26, 27, et 28 novembre 2012 et je dois préparer deux présentations.
>>
>> Donc, je ne participerai pas à la rencontre si elle a lieu avant le 29 novembre 2012.
>>
>> De toute façon, je suis plus une personne de "software" qu'une personne "hardware".
>> Le hardware va m'intéresser si il y a une abstraction logicielle par dessus
>> dans un langage portable et standardisé. Je pense par exemple à Thrust en C++ pour les
>> GPUs ou à Rootbeer (coder les GPUs en java). CUDA ou OpenCL ne sont pas intéressant
>> (mon opinion).
>>
>> Je crois qu'en génomique les FPGAs et GPUs nécessitent un effort extraordinaire
>> de programmation pour obtenir un gain très faible. Voir par exemple
>> MUMmerGPU, SOAP3/GPU. Jacopo Pantaleoni (un contact chez NVIDIA Research) a porté BWA
>> sur GPU, ça a pris des mois et pendant ce temps "upstream" a sorti plusieurs nouvelles
>> versions de BWA.
>>
>> Du côté des accélérateurs, je vais attendre d'avoir accès à un Intel Phi, ce qui devrait
>> être bientôt.
>>
>> En tant que "maintainer" de Ray, je suis très content avec MPI avec IEEE POSIX thread dans
>> les entrailles de RayPlatform.
>>
>> On 11/14/2012 03:55 PM, François Laviolette wrote:
>>> Bonjour,
>>>
>>> Paul Fortier et moi-même aimerions céduler un petite rencontre afin d'explorer la possibilité d'avoir une version "hardware" de notre programme d'assemblage de génome RAY.
>>>
>>>
>>> Afin de connaître les disponibilités de chacun, pourriez-vous SVP remplir le sondage Doodle suivant: http://www.doodle.com/rqbeuvudfs6ves9y
>>>
>>> Merci d'avance
>>>
>>> François Laviolette
>>
>