Re: [Denovoassembler-devel] Ray Cloud Browser - Feedbacks

[Sébastien B. <seb...@ul...>]

On 11/09/2012 10:02 AM, Charles Joly wrote:
> Salut Seb,
>
> J'ai regardé ton démo pour le browser avec Fred ce matin. C'est très cool!
>
> Est-ce que ce serait très compliqué de ne représenter que le
> nucléotide qui est unique à chaque k-mer plutôt que la longeur totale?
> Ça permettrait de représenter un plus grand nombre de k-mer dans une
> fenêtre.

Does not make sense.

Example of a knot:

     TATCG -> ATCGA -> TCGAC
     AATCG ->       -> TCGAC

I don't see how you can represent this with just one letter.

However, for chains  x1 -> x2 -> x3 -> x4, I can do that:

     TATCG -> ATCGA -> TCGAC -> CGACA -> GACAC

Can become:

     TATCG -> A -> C -> A -> GACAC

In fact, we can only display any k-mer with a single nucleotide without
loss of information for those with 1 child and 1 parent (1-1 k-mers).

Lukily, most of k-mers are like this !

So what'll do is:

- render 1-1 k-mers with the last nucleotide
- render other k-mers with full sequence
-when the user moves its mouse over a k-mer, it will be rendered in full-sequence mode
regardless if it is a 1-1.

>
> De plus, tu pourrais avoir une couleur par nucléotide et ça pourrait
> aider à visualiser plus facilement.

Sure.

>
> Fred a même proposé de ne pas dessiner ni les cercle et ni arête et de
> ne représenter qu'une lettre pour chaque nucléotide qu'on pourrait
> déplacer de la même manière.
>

No. It's a graph, we need relationships.
  
> Charles.
>