Hola,
no se para ustedes, pero me parece que la manera de realizar los cobros o pagos de facturas es un poco engorrosa en Compiere. Lo escribo porque el hecho de ingresar un Payment, luego ir a View Allocation y finalmente ir a Bank Statement para conciliar el banco, lo encuentro poco eficiente si tenemos en cuenta que en Payment se ingresa el cliente a quién cobramos o pagamos y ahi se debería hacer el asiento de

- Cheques por cobrar
            Clientes

- Clientes
       Cheques por pagar

según corresponda.
Sin embargo, el primer asiento en Payment es

- Payment Selection
       Cheques por cobrar

Es de esperar que si ya se indicó el cliente hubiese hecho alguno de los dos asientos anteriores.
Sé que lo de Payment Selection viene por el hecho que normalmente (según el manual de Compiere 251b)los pagos se hacen mediante la impresión de recibos o la impresión de cheques y luego se hacen los asientos contables, pero si eso no es usual como en mi caso no sé que opción se puede tomar para evitar estos innecesarios pasos.