1/ Sortowanie: po nazwach, po długości sekwencji, po ilości aminokwasów w zaznaczonej kolumnie. Jeśli ktoś odpali dwa razy z rzedu to powinno po prostu odwrócić kolejność (tak jak przy klikaniu nagłówków w arkuszach albo przeglądarkach plików). Można dodatkowo rozbudować o sub-sortowanie tylko wybranych sekwencji, czyli np. zaznaczasz fragment sekwencji i program sortuje Ci tylko te sekwencje które zostały zaznaczone, a te które są poza zaznaczeniem (przed i po) zostają bez zmian. Warto by też było mieć sortowanie motywami - jak się zaznaczy kilka kolumn, to nie sortujemy to każdej z osobna, tylko traktujemy wszystkie zaznaczone pozycje jako jeden motyw, i zliczamy jako całość. Warto jeszcze dodać sortowanie po identyczności/podobieństwie - wybierasz jedną sekwencję, dajesz ją na samą górę zestawienia a resztę układasz według malejącej identyczności lub podobieństwa (w/g wybranej macierzy substytucji).