BEOWULF-CENAT / News: Recent posts

mpiBLAST disponible + datos

Esta semana se instalo mpiBLAST para analisis en biologia molecular. Los nodos del cluster albergan ahora el software y esta disponible la base de datos nr (Non-Replicated Proteins) para consultas generales.

Con respecto a MPI-POVRAY, se ha detectado un error de ejecucion. Con el fin de hacer pruebas, se estan examinando los fuentes para observar alguna anomalia.

El siguiente proyecto pequenno es proveer una version paralela de prolog, un MPI-Prolog desarrollando el interprete localmente hasta tener una version que soporte MPI. Esta fundamentada en el algoritmo de unificacion.

Posted by Santiago Núñez Corrales 2006-02-08

Hrothgar: primer cluster en marcha

Esta semana fue configurado con exito el cluster Hrothgar en el CENAT. Cuenta con 8 UltraSparc IIe a 550MHz, Gentoo Linux 2005.1-r1, MPICH2, PVFS2, servicios de red internos y NFS.Se configuro una imagen minima de 147 MB de instalacion de Linux. Cada computador alberga un servidor pvfs2. Ademas, se instalo MPI-POVRAY y mpiBLAST esta en proceso con la base de datos genebank suiza.

Las siguientes tareas son: generar el instalador automatico, pruebas de MPI y benchmarking, calendarizadores OpenPBS y Maui y herramientas para Grid computing.... read more

Posted by Santiago Núñez Corrales 2006-02-03

Reporte de labores, semana 1

CENTRO NACIONAL DE ALTA TECNOLOGÍA
DR. FRANKLING CHANG DÍAZ

Reporte de actividades y evaluación de tecnologías para el proyecto CLUSTER-CENAT
Responsable: Santiago Núñez Corrales
Fecha: 24 de Enero, 2006

1. Introducción

El desarrollo del proyecto CLUSTER-CENAT es la primera etapa en la implementación de una arquitectura nacional de computación de alto rendimiento que dé soporte a actividades científicas. Uno de los principales objetivos es generar experiencia a partir de la instalación de un cluster de computadores en el Laboratorio. Por tanto, las actividades de la presente semana se centraron en la búsqueda de factores clave en el rendimiento individual de cada computador y en pruebas de la distribución Gentoo Linux v. 2005.1.r-1 en las Sun Blade 100. Si bien el rendimiento es satisfactorio, existen factores de conveniencia en el manejo, administración y control de configuración del cluster que indican la necesidad de evaluar otras alternativas. Finalmente, se ofrece una evaluación sobre las opciones y las implicaciones de cada una de éstas.... read more

Posted by Santiago Núñez Corrales 2006-01-24

Kernel de Linux 2.4.32.1 configurado para UltraSparc IIe

Esta semana se definieron pruebas sobre la optimizacion del kernel de linux para maximizar el rendimiento dentro del cluster. La distribucion utilizada es Gentoo Linux 2005.1.r-1, debido a la flexibilidad en su configuracion y mejora.

Se efectuo la instalacion de Gentoo en 5 de las maquinas para hacer el cluster inicial. La configuracion del software es liviana (solamente el sistema operativo con solo controladores estrictamente necesarios y el soporte para bibliotecas de paralelizacion, asi como compiladores de C, C++ y fortran). El siguiente paso es generar una instalacion automatica para cada uno de los nodos y el master. ... read more

Posted by Santiago Núñez Corrales 2006-01-20

Inicio del Proyecto

Esta semana inicia el proyecto BEOWULF-CENAT cuyo objetivo es implementar una plataforma de computación de alto rendimiento orientada a uso científico. Todas las sugerencias son bienvenidas.

Posted by Santiago Núñez Corrales 2006-01-17