https://sourceforge.net/p/activewaves/wiki/Home/Recent changes to HomeenMon, 21 Sep 2015 16:57:11 -0000https://sourceforge.net/p/activewaves/wiki/Home/<div class="markdown_content"><pre>--- v4 +++ v5 @@ -1,4 +1,4 @@ -Video: https://youtu.be/JwtjVZzmPF4 +Video: https://youtu.be/USx0x3R9cl4  Программа работает в среде MS DOS (используйте DosBox с русификатором russian.txt). </pre> </div>Alexey ArkhipenkoMon, 21 Sep 2015 16:57:11 -0000https://sourceforge.net7e1c1cbe8fe7afdd9ecb21dff35efec6f0d4b43ahttps://sourceforge.net/p/activewaves/wiki/Home/<div class="markdown_content"><pre>--- v3 +++ v4 @@ -1,3 +1,6 @@ +Video: https://youtu.be/JwtjVZzmPF4 + + Программа работает в среде MS DOS (используйте DosBox с русификатором russian.txt). Если работает очень медленно или зависает, откройте параметры (F4) и измените Delay на 1. Также, можете дополнительно изменять количество циклов DosBox (Ctrl+F11 / Ctrl+F12). </pre> </div>Alexey ArkhipenkoMon, 21 Sep 2015 12:51:05 -0000https://sourceforge.net0dcc32760eb2bb483542704dffb35dcdbf1f0573https://sourceforge.net/p/activewaves/wiki/Home/<div class="markdown_content"><pre>--- v2 +++ v3 @@ -1,3 +1,6 @@ +Программа работает в среде MS DOS (используйте DosBox с русификатором russian.txt). +Если работает очень медленно или зависает, откройте параметры (F4) и измените Delay на 1. Также, можете дополнительно изменять количество циклов DosBox (Ctrl+F11 / Ctrl+F12). + Программа позволяет моделировать некоторые волновые процессы в активных средах (миокард, мозг). Конечно, невозможно пока достаточно точно смоделировать такие сложные органы, состоящии из миллионов клеток, </pre> </div>Alexey ArkhipenkoMon, 21 Sep 2015 11:11:00 -0000https://sourceforge.net906876c44a9551cffc8778b5b3c061d119db6fb8https://sourceforge.net/p/activewaves/wiki/Home/<div class="markdown_content"><pre>--- v1 +++ v2 @@ -1,8 +1,225 @@ -Welcome to your wiki! - -This is the default page, edit it as you see fit. To add a new page simply reference it within brackets, e.g.: [SamplePage]. - -The wiki uses [Markdown](/p/activewaves/wiki/markdown_syntax/) syntax. +Программа позволяет моделировать некоторые волновые процессы в активных + средах (миокард, мозг). Конечно, невозможно пока достаточно точно + смоделировать такие сложные органы, состоящии из миллионов клеток, + но программа позволяет смоделировать некоторые частные случаи, на- + пример, прохождение парной волны вдоль границы раздела между среда- + ми с разной рефрактерностью, лежащей под острым углом к фронту + волны. При разработке программы особое внимание уделялось образо- + ванию, развитию и размножению ревербераторов, вероятно, являющихся + причиной возникновения в сердце таких патологий как фибрилляция же- + лудочков и экстрасистолии. + + +Cодержание справки: + 1. Управление программой + 2. Принципы моделирования + 2. Структура файлов систем + 3. Замечание об ошибках + 4. Источники + + +1. Управление программой: + + В режиме выбора и редактирования экосистемы: + F1 - Вызов этой справки + F4 - Редактирование параметров выбранной экосистемы или смена + описания папки + F5 - копирование выбранной системы + F6 - перемещение выбранной системы + F7 - создание новой папки + Ins - создание новой системы + Del - удаление папки/системы + BkSp - возврат в предыдущую папку + Enter - переход в режим моделирования + + Встроенный редактор имеет свою справку. + + +2. Принципы моделирования. + Моделирование осуществляется при помощи разложения активной среды на + дискретную матрицу клеток (обычно 100x100). Каждая клетка обладает + несколькими байтовыми (0..255) параметрами: + 1. Рефрактерностью (складывается из T - времени, в течение кото- + рого клетка возбуждена и может передаватьимпульсы окружа- + ющим ее клеткам, но не может принимать дополнительные импульсы + и R - времени, в течение которого клетка рефрактерна, то есть + не может ни принимать, ни передавать импульс). + 2. Скоростью передачи импульса (точнее, задержкой перед передачей + импульса соседней клетке) + 3. Состоянием (в покое, возбужденна или рефрактерна) + Поскольку задавать для каждой клетки ее начальные параметры было бы + слишком долго и трудоемко, используется метод блоков: в параметрах + можно присвоить значения рефрактерности или скорости передачи импуль- + са сразу группе клеток. Кроме того, некоторые клетки можно делать + "неактивными", то есть запрещать им возбуждаться от приходящего импуль- + са. Так можно строить преграды на пути импульса. Все остальные "актив- + ные" клетки к началу моделирования находятся в покое. + Группы клеток задаются при помощи рисования фигур на виртуальной + матрице клеток. Это могут быть круги, прямоугольники, линии, точки, + заполненные прямоугольники или заливка. Вместо цвета фигуры указывает + ся рефрактерность (T, R) или скорость проведения импульса. Программа + сама присваивает этим группам клеток цвета. + Следующим вопросом было создание затравочных импульсов в среде. На- + пример, в сердце импульсы ритмично генерирует некоторая группа пейсмей- + керных клеток. В данном случае возможно 2 варианта генерации импульсов: + 1. Случайные точечные импульсы. Для этих импульсов задается веро- + ятность возникновения импульса в случайно выбранной точке среды + за единицу времени (в программе единица времени равна времени, + за которое плоская волна сдвигается на одну клетку в среде со + скоростью передачи импульса v=1) + 2. Импульсы с заданным временем возникновения. В этом случае мож- + но задавать до 10 точечных и до 10 плоских импульсов, указывая + момент времени, в который они возникнут. Точечный импульс зада- + ется координатами точки (X; Y), плоский импульс задается линией + от точки (X1; Y1) до точки (X2; Y2). Необходимо помнить, что + точечный импульс формирует кольцевой волновой фронт (в прог- + рамме приближенно принят восьмиугольник), а плоский может + сформировать двойной фронт, если он не создан вплотную к грани- + це с неактивной средой. + P.S. Если импульсы или группы импульсов возникают через равные + промежутки времени, целесообразно указать период повторения + (Timer=...), после которого отсчет времени пойдет с 0. + +3. Структура файлов ситем. + Файл, описывающий параметры системы напоминает программу. В начале + файла должно быть несколько обязательных параметров (названия не име- + ют значения, но порядок должен быть только таким. Перед каждым значе- + нием должен стоять знак равенства): + Название системы + Xm=... + Ym=... + MaxI1=... + MaxI2=... + Del=... + Название системы должно содержать не более 40 символов - иначе оно не + уместится на экране. Xm - число клеток в матрице по оси x, Ym - по y. + MaxI1, MaxI2 - специальные параметры "импульсов" то есть передач + импульса от одной клетки к другой. При задании этих парметров нужно + учесть, что на их основе формируется матрица импульсов размером + MaxI1 x MaxI2 и вся она должна уместиться в оперативной памяти, MaxI1 + не должен превышать 500, MaxI2 - 20000. MaxI1 должен быть больше само- + го большого R или скорости передачи импульса - в зависимости от того, + кто больше. MaxI2 должен быть большим, если вы планируете наличие + одномоментно большого количества возбужденных клеток в среде. Если + этот параметр мал, при моделировании может возникнуть "застревание" и + дезактивация волны. В этом случае скорректируйте этот параметр. Пара- + метр Del определяет величину задержки после каждого продвижения волны + на 1 клетку в миллисекундах (на некоторых компьютерах меньше). Если + моделирование осуществляется слишком медленно, имеет смысл уменьшить + этот параметр, если слишком быстро - увеличить. + После этих обязательных параметров могут следовать в любой последо- + вательности 4 блока параметров, начинающихся с зарезервированного сло- + ва (регистр не важен) и заканчивающихся словом "END". Названия блоков + распознаются программой по первым 3 буквам, параметры в блоках должны + следовать с отступом как минимум одного пробела, а их названия распоз- + наются по первой букве (то есть, после буквы P в названии параметре + "Pset(10, 20)" может следовать любой другой набор букв вплоть до + открывающейся скобки - "P-точка(10, 20)"): + 1. NEW - единственный обязательный блок. + Включает параметры новых импульсов (см.). Если задаются + случайные импульсы по всему полю, единственный пара- + метр - Spontan=... Он задает вероятность возникновения им- + пульса за единицу времени (значения: от 0 до 1). + Если задается упорядоченная по времени последовательность + импульсов, то необходим параметр Timer=... Он задает период + последовательности. Также в виде точек + Pset(X, Y), T + и линий + Line(X1, Y1, X2, Y2), T + задаются сами импульсы. T - время, в которое импульс возник- + нет. + 2. REFRACT - блок параметров рефрактерности (см.). В этот блок + могут входить следующие параметры: + - параметр общей рефрактерности (время T и R - см.) + General=T, R + - клетка (точка) с другой рефрактерностью: + Pset(X, Y), T, R + - линия клеток с другой рефрактерностью: + Line(X1, Y1, X2, Y2), T, R + - прямоугольник (не заполненный) клеток с другой + рефрактерностью: + Rect(X1, Y1, X2, Y2), T, R + - прямоугольник (заполненный) клеток с другой + рефрактерностью: + Bar(X1, Y1, X2, Y2), T, R + - кольцо клеток с другой рефрактерностью (Ra - радиус): + Circle(X, Y, Ra), T, R + - заливка клеток с другой рефрактерностью (T1, R1 - параметры + клеток внутри заливки, T2, R2 - параметры клеток на границе + заливки; обычно одинаковые - T1=T2, R1=R2): + Fill(X, Y), T1, R1, T2, R2 + 3. SPEED - блок параметров скорости проведения импульса. В этот + блок могут входить следующие параметры: + - параметр общей скорости проведения (точнее - задержки + в условных единицах времени перед передачей импульса сле- + дующей клетке): + General=S + - клетка (точка) с другой скоростью передачи: + Pset(X, Y), S + - линия клеток с другой скоростью передачи: + Line(X1, Y1, X2, Y2), S + - прямоугольник (не заполненный) клеток с другой + скоростью передачи: + Rect(X1, Y1, X2, Y2), S + - прямоугольник (заполненный) клеток с другой + скоростью передачи: + Bar(X1, Y1, X2, Y2), S + - кольцо клеток с другой скоростью передачи (Ra - радиус): + Circle(X, Y, Ra), S + - заливка клеток с другой скоростью передачи (S1 - параметр + клеток внутри заливки, S2 - параметр клеток на границе + заливки; обычно одинаковые - S1=S2): + Fill(X, Y), S1, S2 + 4. WALL - блок параметров неактивных клеток (преград, или стен). + После каждого параметра далее следует [, 0], означающий, что + после этого параметра может стоять эта комбинация (например, + "Pset(10, 20), 0" вместо "Pset(10,20)"). Тогда клетка или + группа клеток становится активной. Используется для образова- + ния отверстий в препятствиях и удаления части препятствий: + - неактивная клетка (точка) + Pset(X, Y) [, 0] + - неактивная линия клеток + Line(X1, Y1, X2, Y2) [, 0] + - неактивный прямоугольник (не заполненный) клеток + Rect(X1, Y1, X2, Y2) [, 0] + - неактивный прямоугольник (заполненный) клеток + Bar(X1, Y1, X2, Y2) [, 0] + - неактивное кольцо клеток (Ra - радиус): + Circle(X, Y, Ra) [, 0] + - неактивная заливка клеток (если 0 - заливается по + границе 0): + Fill(X, Y) [, 0] + + +4. Замечания об ошибках. + В программе использована специальная многоуровневая система контроля + ошибок. Если ошибка содержится в тексте параметров системы, + программа выводит на экран сообщение типа "Ошибка в задании общей + рефрактерности в строчке 12 файла ST2". Для разрешения этих ошибок + обратитесь к примерам и правилам оформления файлов параметров систем. + Если ошбка возникает в процессе моделирования или вообще в самой про- + грамме, происходит приостановка программы с предложением пользователю + продолжить программу или выйти из нее сразу. В любом случае желатель- + но не прерывать программу по ошибке, а выйти из нее после возврата в + меню. Отказываться от продолжения работы имеет смысл только в том + случае, если программа циклически выдает данную ошибку уже несколько + раз и не продолжает работу. Такое в принципе возможно только в случае + грубых физических повреждений компьютера, изменений программы в + результате занесения вируса или попыток изменения кода (-: + + +5. При составлении программы была использована следующая литература: + 1. В.Ф. Антонов, А.М. Черныш, В.И. Пасечник, С.А. Вознесенский, + Е.К. Козлова. Биофизика. Москва, 1996 + + +Со всеми вопросами и предложениями просьба обращаться: + e-mail: rualark@gmail.com + + Архипенко Алексей + Москва + 2000 + [[members limit=20]] [[download_button]] </pre> </div>Alexey ArkhipenkoMon, 21 Sep 2015 11:09:11 -0000https://sourceforge.net3d71bc5c32908bc17847e4a7c62a8ffcf3f6365ehttps://sourceforge.net/p/activewaves/wiki/Home/<div class="markdown_content"><p>Welcome to your wiki!</p> <p>This is the default page, edit it as you see fit. To add a new page simply reference it within brackets, e.g.: <span>[SamplePage]</span>.</p> <p>The wiki uses <a class="" href="/p/activewaves/wiki/markdown_syntax/">Markdown</a> syntax.</p> <p></p><h6>Project Members:</h6> <ul class="md-users-list"> <li><a href="/u/rualark/">Alexey Arkhipenko</a> (admin)</li> </ul><br/> <p><span class="download-button-55ffe1cea02bb15e3bd58d11" style="margin-bottom: 1em; display: block;"></span></p><p></p></div>Alexey ArkhipenkoMon, 21 Sep 2015 10:54:06 -0000https://sourceforge.net7656fc7da9700ca2cf69f9c1194bde23c8df3ad3