Если нет файла cr3.ini в папке пользователя(homedir) (или неудачно прочитался), cr пытается прочитать его из папки программы(exedir) и запоминает этот путь как путь по умолчанию. В результате при записи конфига он пытается писать в папку программы. И как результат настройки не сохраняются.
Тоже самое с историей cr3hist.bmk
Вариант решения проблемы в файле.
Next time, please submit bugreport in English
In linux distribution coolreader do not create the cr3.ini in users home in .cr3 directory, and can't save settings of course.
If I handmake emty cr3.ini file, then coolreader can save all setting.