Hi James -

Apparently that was the one step I forgot - in APBS 0.4.0 we've added a new SDENS keyword, so the plugin authors needed to add that to their respective code in order to get things to work again.

We just heard from John Stone (who works on the VMD project) that he will be releasing a test VMD build today which (among other things) both fixes the apbs_fd problem and accounts for the SDENS keyword.  This will be available from:

 http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/alpha/

I think the current beta VMD build ( 1.8.4b6) also resolves these issues, so you'll probably want to either download the current beta or wait for the new build.

That should hopefully do it!

Todd

On 1/18/06, James Ianni <jianni@sas.upenn.edu> wrote:
 
Thanks for the really quick reply!
Okay, I tried 1,3 and 4. I'm having trouble trying to do 2 (mainly obtaining the software).
I'm getting the same error:
 
------------------
This executable compiled on Dec 14 2005 at 13:18:08
 
Parsing input file apbs.in...
PBEparm_check: SDENS not set!
NOsh:  MG parameters not set correctly!
Error while parsing input file.
----------------
 
Here is my .in file followed by the 1PTR.pqr file (VMD generated, I havent added H's to this protein yet):
 
read
  mol pqr /tmp/1PTR.pqr
end
elec
  mg-auto
  dime 129 129 129
  cglen 34.8914988042 36.7124977112 40.5314970017
  cgcent mol 1
  fglen 23.2609992028 24.4749984741 27.0209980011
  fgcent mol 1
  mol 1
  lpbe
  bcfl sdh
  srfm smol
  chgm spl2
  ion 1 0.150 2.0
  ion -1 0.150 2.0
  pdie  1.0
  sdie  78.54
  srad  1.4
  swin  0.3
  temp  298.15
  gamma  0.105
  calcenergy no
  calcforce no
  write pot dx pot
end
quit
ATOM      1  N   HIS   231      20.224  17.337  46.492 0.000 1.400
ATOM      2  CA  HIS   231      19.782  18.342  45.533 0.000 1.500
ATOM      3  C   HIS   231      18.797  19.350  46.100 0.000 1.500
ATOM      4  O   HIS   231      17.952  19.045  46.941 0.000 1.300
ATOM      5  CB  HIS   231      19.137  17.701  44.319 0.000 1.500
ATOM      6  CG  HIS   231      20.052  16.769  43.538 0.000 1.500
ATOM      7  ND1 HIS   231      20.994  17.148  42.673 0.000 1.400
ATOM      8  CD2 HIS   231      19.830  15.428  43.492 0.000 1.500
ATOM      9  CE1 HIS   231      21.344  16.037  42.071 0.000 1.500
ATOM     10  NE2 HIS   231      20.653  15.028  42.560 0.000 1.400
ATOM     11  N   ARG   232      18.932  20.565  45.608 0.000 1.400
ATOM     12  CA  ARG   232      18.068  21.665  45.970 0.000 1.500
ATOM     13  C   ARG   232      17.296  22.047  44.698 0.000 1.500
ATOM     14  O   ARG   232      17.687  22.979  43.986 0.000 1.300
ATOM     15  CB  ARG   232      19.033  22.718  46.473 0.000 1.500
ATOM     16  CG  ARG   232      18.499  23.782  47.383 0.000 1.500
ATOM     17  CD  ARG   232      19.608  24.122  48.385 0.000 1.500
ATOM     18  NE  ARG   232      20.803  24.718  47.803 0.000 1.400
ATOM     19  CZ  ARG   232      20.855  25.993  47.405 0.000 1.500
ATOM     20  NH1 ARG   232      19.813  26.825  47.477 0.000 1.400
ATOM     21  NH2 ARG   232      21.986  26.449  46.896 0.000 1.400
ATOM     22  N   PHE   233      16.273  21.286  44.315 0.000 1.400
ATOM     23  CA  PHE   233      15.507  21.526  43.103 0.000 1.500
ATOM     24  C   PHE   233      14.471  22.597  43.233 0.000 1.500
ATOM     25  O   PHE   233      13.583  22.514  44.086 0.000 1.300
ATOM     26  CB  PHE   233      14.776  20.307  42.666 0.000 1.500
ATOM     27  CG  PHE   233      15.646  19.265  42.018 0.000 1.500
ATOM     28  CD1 PHE   233      16.259  19.557  40.796 0.000 1.500
ATOM     29  CD2 PHE   233      15.795  18.018  42.618 0.000 1.500
ATOM     30  CE1 PHE   233      17.027  18.598  40.161 0.000 1.500
ATOM     31  CE2 PHE   233      16.565  17.060  41.966 0.000 1.500
ATOM     32  CZ  PHE   233      17.176  17.350  40.743 0.000 1.500
ATOM     33  N   LYS   234      14.547  23.604  42.377 0.000 1.400
ATOM     34  CA  LYS   234      13.549  24.651  42.373 0.000 1.500
ATOM     35  C   LYS   234      13.070  24.793  40.938 0.000 1.500
ATOM     36  O   LYS   234      13.790  24.491  39.973 0.000 1.300
ATOM     37  CB  LYS   234      14.152  25.970  42.868 0.000 1.500
ATOM     38  N   VAL   235      11.784  25.148  40.820 0.000 1.400
ATOM     39  CA  VAL   235      11.153  25.242  39.519 0.000 1.500
ATOM     40  C   VAL   235      11.881  26.293  38.707 0.000 1.500
ATOM     41  O   VAL   235      12.306  27.333  39.223 0.000 1.300
ATOM     42  CB  VAL   235       9.637  25.591  39.678 0.000 1.500
ATOM     43  CG1 VAL   235       9.403  27.021  40.137 0.000 1.500
ATOM     44  CG2 VAL   235       8.976  25.432  38.332 0.000 1.500
ATOM     45  N   TYR   236      12.008  26.017  37.422 0.000 1.400
ATOM     46  CA  TYR   236      12.733  26.927  36.575 0.000 1.500
ATOM     47  C   TYR   236      11.889  27.059  35.332 0.000 1.500
ATOM     48  O   TYR   236      11.186  26.121  34.942 0.000 1.300
ATOM     49  CB  TYR   236      14.117  26.294  36.332 0.000 1.500
ATOM     50  CG  TYR   236      15.179  27.239  35.790 0.000 1.500
ATOM     51  CD1 TYR   236      15.297  27.359  34.407 0.000 1.500
ATOM     52  CD2 TYR   236      16.027  27.965  36.643 0.000 1.500
ATOM     53  CE1 TYR   236      16.256  28.191  33.855 0.000 1.500
ATOM     54  CE2 TYR   236      16.990  28.810  36.089 0.000 1.500
ATOM     55  CZ  TYR   236      17.085  28.901  34.704 0.000 1.500
ATOM     56  OH  TYR   236      18.026  29.689  34.100 0.000 1.300
ATOM     57  N   ASN   237      11.945  28.242  34.743 0.000 1.400
ATOM     58  CA  ASN   237      11.273  28.535  33.494 0.000 1.500
ATOM     59  C   ASN   237      12.414  28.592  32.504 0.000 1.500
ATOM     60  O   ASN   237      13.322  29.415  32.632 0.000 1.300
ATOM     61  CB  ASN   237      10.584  29.891  33.514 0.000 1.500
ATOM     62  CG  ASN   237       9.634  30.055  34.687 0.000 1.500
ATOM     63  OD1 ASN   237       8.972  29.104  35.100 0.000 1.300
ATOM     64  ND2 ASN   237       9.533  31.226  35.284 0.000 1.400
ATOM     65  N   TYR   238      12.408  27.708  31.520 0.000 1.400
ATOM     66  CA  TYR   238      13.514  27.562  30.593 0.000 1.500
ATOM     67  C   TYR   238      13.267  28.365  29.349 0.000 1.500
ATOM     68  O   TYR   238      12.140  28.535  28.873 0.000 1.300
ATOM     69  CB  TYR   238      13.721  26.098  30.218 0.000 1.500
ATOM     70  CG  TYR   238      14.121  25.257  31.420 0.000 1.500
ATOM     71  CD1 TYR   238      13.147  24.823  32.313 0.000 1.500
ATOM     72  CD2 TYR   238      15.457  24.930  31.633 0.000 1.500
ATOM     73  CE1 TYR   238      13.502  24.060  33.421 0.000 1.500
ATOM     74  CE2 TYR   238      15.821  24.161  32.738 0.000 1.500
ATOM     75  CZ  TYR   238      14.837  23.732  33.631 0.000 1.500
ATOM     76  OH  TYR   238      15.176  22.972  34.736 0.000 1.300
ATOM     77  N   MET   239      14.404  28.879  28.901 0.000 1.400
ATOM     78  CA  MET   239      14.450  29.777  27.773 0.000 1.500
ATOM     79  C   MET   239      14.789  29.121  26.453 0.000 1.500
ATOM     80  O   MET   239      14.583  29.726  25.407 0.000 1.300
ATOM     81  CB  MET   239      15.445  30.899  28.062 0.000 1.500
ATOM     82  CG  MET   239      15.013  31.742  29.244 0.000 1.500
ATOM     83  SD  MET   239      13.271  32.211  29.179 0.000 1.900
ATOM     84  CE  MET   239      13.159  33.120  27.671 0.000 1.500
ATOM     85  N   SER   240      15.309  27.905  26.452 0.000 1.400
ATOM     86  CA  SER   240      15.551  27.180  25.219 0.000 1.500
ATOM     87  C   SER   240      15.292  25.720  25.542 0.000 1.500
ATOM     88  O   SER   240      15.263  25.381  26.732 0.000 1.300
ATOM     89  CB  SER   240      16.981  27.410  24.775 0.000 1.500
ATOM     90  OG  SER   240      17.904  27.052  25.790 0.000 1.300
ATOM     91  N   PRO   241      15.029  24.829  24.591 0.000 1.400
ATOM     92  CA  PRO   241      14.718  23.441  24.875 0.000 1.500
ATOM     93  C   PRO   241      15.807  22.711  25.638 0.000 1.500
ATOM     94  O   PRO   241      16.958  22.581  25.196 0.000 1.300
ATOM     95  CB  PRO   241      14.420  22.836  23.527 0.000 1.500
ATOM     96  CG  PRO   241      15.061  23.781  22.534 0.000 1.500
ATOM     97  CD  PRO   241      14.877  25.133  23.180 0.000 1.500
ATOM     98  N   THR   242      15.375  22.288  26.821 0.000 1.400
ATOM     99  CA  THR   242      16.166  21.618  27.829 0.000 1.500
ATOM    100  C   THR   242      15.522  20.258  28.065 0.000 1.500
ATOM    101  O   THR   242      14.301  20.077  28.001 0.000 1.300
ATOM    102  CB  THR   242      16.145  22.449  29.106 0.000 1.500
ATOM    103  OG1 THR   242      16.409  23.780  28.696 0.000 1.300
ATOM    104  CG2 THR   242      17.195  22.049  30.140 0.000 1.500
ATOM    105  N   PHE   243      16.356  19.264  28.299 0.000 1.400
ATOM    106  CA  PHE   243      15.894  17.927  28.540 0.000 1.500
ATOM    107  C   PHE   243      16.108  17.598  29.983 0.000 1.500
ATOM    108  O   PHE   243      16.869  18.203  30.744 0.000 1.300
ATOM    109  CB  PHE   243      16.647  16.933  27.705 0.000 1.500
ATOM    110  CG  PHE   243      16.345  17.184  26.242 0.000 1.500
ATOM    111  CD1 PHE   243      16.940  18.265  25.573 0.000 1.500
ATOM    112  CD2 PHE   243      15.476  16.322  25.575 0.000 1.500
ATOM    113  CE1 PHE   243      16.659  18.481  24.233 0.000 1.500
ATOM    114  CE2 PHE   243      15.203  16.544  24.230 0.000 1.500
ATOM    115  CZ  PHE   243      15.790  17.617  23.559 0.000 1.500
ATOM    116  N   CYS   244      15.352  16.610  30.362 0.000 1.400
ATOM    117  CA  CYS   244      15.459  16.121  31.705 0.000 1.500
ATOM    118  C   CYS   244      16.713  15.259  31.814 0.000 1.500
ATOM    119  O   CYS   244      16.813  14.183  31.197 0.000 1.300
ATOM    120  CB  CYS   244      14.208  15.352  31.945 0.000 1.500
ATOM    121  SG  CYS   244      14.068  14.451  33.484 0.000 1.900
ATOM    122  N   ASP   245      17.578  15.650  32.732 0.000 1.400
ATOM    123  CA  ASP   245      18.801  14.913  32.989 0.000 1.500
ATOM    124  C   ASP   245      18.582  13.565  33.591 0.000 1.500
ATOM    125  O   ASP   245      19.516  12.769  33.702 0.000 1.300
ATOM    126  CB  ASP   245      19.711  15.743  33.892 0.000 1.500
ATOM    127  CG  ASP   245      20.259  16.974  33.185 0.000 1.500
ATOM    128  OD1 ASP   245      20.441  16.955  31.963 0.000 1.300
ATOM    129  OD2 ASP   245      20.496  17.965  33.857 0.000 1.300
ATOM    130  N   HIS   246      17.360  13.297  34.035 0.000 1.400
ATOM    131  CA  HIS   246      17.067  11.959  34.506 0.000 1.500
ATOM    132  C   HIS   246      16.522  11.042  33.416 0.000 1.500
ATOM    133  O   HIS   246      16.985   9.917  33.248 0.000 1.300
ATOM    134  CB  HIS   246      16.064  12.021  35.684 0.000 1.500
ATOM    135  CG  HIS   246      15.615  10.633  36.121 0.000 1.500
ATOM    136  ND1 HIS   246      16.292   9.731  36.800 0.000 1.400
ATOM    137  CD2 HIS   246      14.423  10.057  35.763 0.000 1.500
ATOM    138  CE1 HIS   246      15.592   8.645  36.858 0.000 1.500
ATOM    139  NE2 HIS   246      14.467   8.852  36.228 0.000 1.400
ATOM    140  N   CYS   247      15.525  11.493  32.644 0.000 1.400
ATOM    141  CA  CYS   247      14.875  10.524  31.746 0.000 1.500
ATOM    142  C   CYS   247      15.145  10.794  30.280 0.000 1.500
ATOM    143  O   CYS   247      14.751  10.005  29.440 0.000 1.300
ATOM    144  CB  CYS   247      13.346  10.491  31.926 0.000 1.500
ATOM    145  SG  CYS   247      12.443  11.926  31.279 0.000 1.900
ATOM    146  N   GLY   248      15.753  11.913  29.925 0.000 1.400
ATOM    147  CA  GLY   248      16.021  12.163  28.528 0.000 1.500
ATOM    148  C   GLY   248      14.926  12.899  27.788 0.000 1.500
ATOM    149  O   GLY   248      15.276  13.444  26.744 0.000 1.300
ATOM    150  N   SER   249      13.644  12.961  28.186 0.000 1.400
ATOM    151  CA  SER   249      12.701  13.753  27.407 0.000 1.500
ATOM    152  C   SER   249      12.712  15.226  27.734 0.000 1.500
ATOM    153  O   SER   249      13.086  15.643  28.846 0.000 1.300
ATOM    154  CB  SER   249      11.259  13.257  27.583 0.000 1.500
ATOM    155  OG  SER   249      11.128  11.877  27.312 0.000 1.300
ATOM    156  N   LEU   250      12.284  15.968  26.704 0.000 1.400
ATOM    157  CA  LEU   250      12.136  17.405  26.778 0.000 1.500
ATOM    158  C   LEU   250      11.324  17.864  27.983 0.000 1.500
ATOM    159  O   LEU   250      10.327  17.243  28.368 0.000 1.300
ATOM    160  CB  LEU   250      11.462  17.891  25.497 0.000 1.500
ATOM    161  CG  LEU   250      11.289  19.386  25.224 0.000 1.500
ATOM    162  CD1 LEU   250      12.648  20.047  24.942 0.000 1.500
ATOM    163  CD2 LEU   250      10.364  19.548  24.040 0.000 1.500
ATOM    164  N   LEU   251      11.748  18.958  28.587 0.000 1.400
ATOM    165  CA  LEU   251      11.037  19.601  29.654 0.000 1.500
ATOM    166  C   LEU   251       9.978  20.429  28.942 0.000 1.500
ATOM    167  O   LEU   251      10.204  21.564  28.522 0.000 1.300
ATOM    168  CB  LEU   251      11.986  20.483  30.446 0.000 1.500
ATOM    169  CG  LEU   251      13.103  19.757  31.199 0.000 1.500
ATOM    170  CD1 LEU   251      13.871  20.756  32.035 0.000 1.500
ATOM    171  CD2 LEU   251      12.523  18.645  32.058 0.000 1.500
ATOM    172  N   TRP   252       8.792  19.850  28.795 0.000 1.400
ATOM    173  CA  TRP   252       7.707  20.427  28.010 0.000 1.500
ATOM    174  C   TRP   252       7.129  21.699  28.556 0.000 1.500
ATOM    175  O   TRP   252       7.104  21.878  29.777 0.000 1.300
ATOM    176  CB  TRP   252       6.531  19.468  27.898 0.000 1.500
ATOM    177  CG  TRP   252       6.914  18.045  27.580 0.000 1.500
ATOM    178  CD1 TRP   252       7.267  17.638  26.317 0.000 1.500
ATOM    179  CD2 TRP   252       6.949  17.049  28.504 0.000 1.500
ATOM    180  NE1 TRP   252       7.530  16.358  26.451 0.000 1.400
ATOM    181  CE2 TRP   252       7.362  15.967  27.723 0.000 1.500
ATOM    182  CE3 TRP   252       6.701  16.899  29.855 0.000 1.500
ATOM    183  CZ2 TRP   252       7.535  14.713  28.289 0.000 1.500
ATOM    184  CZ3 TRP   252       6.872  15.641  30.423 0.000 1.500
ATOM    185  CH2 TRP   252       7.287  14.563  29.650 0.000 1.500
ATOM    186  N   GLY   253       6.630  22.573  27.691 0.000 1.400
ATOM    187  CA  GLY   253       5.872  23.708  28.192 0.000 1.500
ATOM    188  C   GLY   253       6.514  25.050  27.950 0.000 1.500
ATOM    189  O   GLY   253       7.671  25.149  27.558 0.000 1.300
ATOM    190  N   LEU   254       5.752  26.094  28.200 0.000 1.400
ATOM    191  CA  LEU   254       6.221  27.442  28.002 0.000 1.500
ATOM    192  C   LEU   254       6.910  27.988  29.231 0.000 1.500
ATOM    193  O   LEU   254       7.856  28.778  29.131 0.000 1.300
ATOM    194  CB  LEU   254       5.038  28.326  27.627 0.000 1.500
ATOM    195  CG  LEU   254       4.370  28.029  26.269 0.000 1.500
ATOM    196  CD1 LEU   254       3.032  28.747  26.236 0.000 1.500
ATOM    197  CD2 LEU   254       5.262  28.457  25.107 0.000 1.500
ATOM    198  N   VAL   255       6.446  27.573  30.411 0.000 1.400
ATOM    199  CA  VAL   255       6.992  28.047  31.676 0.000 1.500
ATOM    200  C   VAL   255       6.993  26.869  32.618 0.000 1.500
ATOM    201  O   VAL   255       6.280  25.886  32.398 0.000 1.300
ATOM    202  CB  VAL   255       6.137  29.162  32.332 0.000 1.500
ATOM    203  CG1 VAL   255       6.184  30.429  31.487 0.000 1.500
ATOM    204  CG2 VAL   255       4.691  28.699  32.460 0.000 1.500
ATOM    205  N   LYS   256       7.788  26.961  33.666 0.000 1.400
ATOM    206  CA  LYS   256       7.834  25.976  34.739 0.000 1.500
ATOM    207  C   LYS   256       7.980  24.534  34.276 0.000 1.500
ATOM    208  O   LYS   256       7.526  23.573  34.919 0.000 1.300
ATOM    209  CB  LYS   256       6.566  26.157  35.603 0.000 1.500
ATOM    210  CG  LYS   256       6.457  27.586  36.134 0.000 1.500
ATOM    211  CD  LYS   256       5.237  27.929  36.979 0.000 1.500
ATOM    212  CE  LYS   256       3.895  27.654  36.327 0.000 1.500
ATOM    213  NZ  LYS   256       3.503  26.272  36.556 0.000 1.400
ATOM    214  N   GLN   257       8.726  24.370  33.191 0.000 1.400
ATOM    215  CA  GLN   257       8.908  23.083  32.548 0.000 1.500
ATOM    216  C   GLN   257       9.548  22.008  33.404 0.000 1.500
ATOM    217  O   GLN   257       9.376  20.804  33.151 0.000 1.300
ATOM    218  CB  GLN   257       9.759  23.218  31.309 0.000 1.500
ATOM    219  CG  GLN   257       9.221  24.153  30.250 0.000 1.500
ATOM    220  CD  GLN   257       9.766  25.568  30.335 0.000 1.500
ATOM    221  OE1 GLN   257      10.059  26.081  31.413 0.000 1.300
ATOM    222  NE2 GLN   257       9.922  26.268  29.229 0.000 1.400
ATOM    223  N   GLY   258      10.300  22.401  34.425 0.000 1.400
ATOM    224  CA  GLY   258      10.965  21.430  35.265 0.000 1.500
ATOM    225  C   GLY   258      11.647  22.097  36.427 0.000 1.500
ATOM    226  O   GLY   258      11.398  23.265  36.711 0.000 1.300
ATOM    227  N   LEU   259      12.522  21.379  37.097 0.000 1.400
ATOM    228  CA  LEU   259      13.166  21.853  38.306 0.000 1.500
ATOM    229  C   LEU   259      14.668  21.759  38.070 0.000 1.500
ATOM    230  O   LEU   259      15.153  20.742  37.568 0.000 1.300
ATOM    231  CB  LEU   259      12.749  20.957  39.484 0.000 1.500
ATOM    232  CG  LEU   259      11.254  20.819  39.799 0.000 1.500
ATOM    233  CD1 LEU   259      10.936  19.368  40.048 0.000 1.500
ATOM    234  CD2 LEU   259      10.885  21.645  41.008 0.000 1.500
ATOM    235  N   LYS   260      15.404  22.807  38.384 0.000 1.400
ATOM    236  CA  LYS   260      16.845  22.789  38.263 0.000 1.500
ATOM    237  C   LYS   260      17.441  22.844  39.673 0.000 1.500
ATOM    238  O   LYS   260      17.042  23.661  40.528 0.000 1.300
ATOM    239  CB  LYS   260      17.296  23.988  37.447 0.000 1.500
ATOM    240  CG  LYS   260      18.811  24.109  37.323 0.000 1.500
ATOM    241  CD  LYS   260      19.101  25.389  36.603 0.000 1.500
ATOM    242  CE  LYS   260      18.995  25.057  35.150 0.000 1.500
ATOM    243  NZ  LYS   260      18.625  26.239  34.424 0.000 1.400
ATOM    244  N   CYS   261      18.380  21.939  39.951 0.000 1.400
ATOM    245  CA  CYS   261      19.114  21.926  41.197 0.000 1.500
ATOM    246  C   CYS   261      20.022  23.139  41.278 0.000 1.500
ATOM    247  O   CYS   261      20.945  23.296  40.473 0.000 1.300
ATOM    248  CB  CYS   261      19.994  20.710  41.326 0.000 1.500
ATOM    249  SG  CYS   261      20.979  20.713  42.850 0.000 1.900
ATOM    250  N   GLU   262      19.789  23.917  42.329 0.000 1.400
ATOM    251  CA  GLU   262      20.554  25.107  42.641 0.000 1.500
ATOM    252  C   GLU   262      22.032  24.859  42.875 0.000 1.500
ATOM    253  O   GLU   262      22.830  25.756  42.685 0.000 1.300
ATOM    254  CB  GLU   262      19.990  25.757  43.865 0.000 1.500
ATOM    255  CG  GLU   262      18.611  26.320  43.636 0.000 1.500
ATOM    256  CD  GLU   262      18.327  27.457  44.600 0.000 1.500
ATOM    257  OE1 GLU   262      18.843  28.548  44.348 0.000 1.300
ATOM    258  OE2 GLU   262      17.616  27.252  45.593 0.000 1.300
ATOM    259  N   ASP   263      22.412  23.671  43.333 0.000 1.400
ATOM    260  CA  ASP   263      23.817  23.380  43.539 0.000 1.500
ATOM    261  C   ASP   263      24.538  22.769  42.336 0.000 1.500
ATOM    262  O   ASP   263      25.642  23.171  42.011 0.000 1.300
ATOM    263  CB  ASP   263      23.956  22.447  44.747 0.000 1.500
ATOM    264  CG  ASP   263      23.310  22.984  46.013 0.000 1.500
ATOM    265  OD1 ASP   263      23.511  24.154  46.323 0.000 1.300
ATOM    266  OD2 ASP   263      22.599  22.231  46.683 0.000 1.300
ATOM    267  N   CYS   264      23.923  21.835  41.595 0.000 1.400
ATOM    268  CA  CYS   264      24.689  21.161  40.548 0.000 1.500
ATOM    269  C   CYS   264      24.131  21.426  39.158 0.000 1.500
ATOM    270  O   CYS   264      24.662  20.886  38.196 0.000 1.300
ATOM    271  CB  CYS   264      24.716  19.646  40.746 0.000 1.500
ATOM    272  SG  CYS   264      23.106  18.812  40.547 0.000 1.900
ATOM    273  N   GLY   265      23.017  22.164  39.000 0.000 1.400
ATOM    274  CA  GLY   265      22.441  22.388  37.684 0.000 1.500
ATOM    275  C   GLY   265      21.677  21.223  37.078 0.000 1.500
ATOM    276  O   GLY   265      21.312  21.317  35.916 0.000 1.300
ATOM    277  N   MET   266      21.498  20.081  37.739 0.000 1.400
ATOM    278  CA  MET   266      20.652  19.000  37.226 0.000 1.500
ATOM    279  C   MET   266      19.244  19.524  36.922 0.000 1.500
ATOM    280  O   MET   266      18.683  20.268  37.731 0.000 1.300
ATOM    281  CB  MET   266      20.554  17.876  38.251 0.000 1.500
ATOM    282  CG  MET   266      19.917  16.649  37.650 0.000 1.500
ATOM    283  SD  MET   266      19.741  15.252  38.760 0.000 1.900
ATOM    284  CE  MET   266      19.557  13.985  37.552 0.000 1.500
ATOM    285  N   ASN   267      18.666  19.130  35.798 0.000 1.400
ATOM    286  CA  ASN   267      17.367  19.617  35.348 0.000 1.500
ATOM    287  C   ASN   267      16.460  18.421  35.326 0.000 1.500
ATOM    288  O   ASN   267      16.826  17.408  34.705 0.000 1.300
ATOM    289  CB  ASN   267      17.378  20.135  33.937 0.000 1.500
ATOM    290  CG  ASN   267      18.299  21.316  33.746 0.000 1.500
ATOM    291  OD1 ASN   267      18.244  22.287  34.479 0.000 1.300
ATOM    292  ND2 ASN   267      19.212  21.298  32.795 0.000 1.400
ATOM    293  N   VAL   268      15.310  18.443  36.005 0.000 1.400
ATOM    294  CA  VAL   268      14.383  17.316  35.973 0.000 1.500
ATOM    295  C   VAL   268      12.950  17.772  35.736 0.000 1.500
ATOM    296  O   VAL   268      12.542  18.913  35.924 0.000 1.300
ATOM    297  CB  VAL   268      14.410  16.444  37.299 0.000 1.500
ATOM    298  CG1 VAL   268      15.856  15.977  37.492 0.000 1.500
ATOM    299  CG2 VAL   268      13.888  17.180  38.541 0.000 1.500
ATOM    300  N   HIS   269      12.164  16.789  35.323 0.000 1.400
ATOM    301  CA  HIS   269      10.744  16.996  35.077 0.000 1.500
ATOM    302  C   HIS   269      10.191  16.948  36.477 0.000 1.500
ATOM    303  O   HIS   269      10.696  16.156  37.281 0.000 1.300
ATOM    304  CB  HIS   269      10.011  15.852  34.375 0.000 1.500
ATOM    305  CG  HIS   269      10.207  15.701  32.877 0.000 1.500
ATOM    306  ND1 HIS   269      10.851  14.693  32.317 0.000 1.400
ATOM    307  CD2 HIS   269       9.744  16.579  31.951 0.000 1.500
ATOM    308  CE1 HIS   269      10.794  14.933  31.026 0.000 1.500
ATOM    309  NE2 HIS   269      10.142  16.046  30.824 0.000 1.400
ATOM    310  N   HIS   270       9.102  17.656  36.717 0.000 1.400
ATOM    311  CA  HIS   270       8.368  17.558  37.971 0.000 1.500
ATOM    312  C   HIS   270       8.122  16.102  38.341 0.000 1.500
ATOM    313  O   HIS   270       8.345  15.713  39.491 0.000 1.300
ATOM    314  CB  HIS   270       7.043  18.276  37.827 0.000 1.500
ATOM    315  CG  HIS   270       7.221  19.781  37.759 0.000 1.500
ATOM    316  ND1 HIS   270       7.280  20.616  38.782 0.000 1.400
ATOM    317  CD2 HIS   270       7.336  20.521  36.611 0.000 1.500
ATOM    318  CE1 HIS   270       7.427  21.833  38.307 0.000 1.500
ATOM    319  NE2 HIS   270       7.459  21.760  37.003 0.000 1.400
ATOM    320  N   LYS   271       7.757  15.254  37.366 0.000 1.400
ATOM    321  CA  LYS   271       7.519  13.833  37.599 0.000 1.500
ATOM    322  C   LYS   271       8.757  13.010  37.849 0.000 1.500
ATOM    323  O   LYS   271       8.665  11.914  38.394 0.000 1.300
ATOM    324  CB  LYS   271       6.804  13.167  36.432 0.000 1.500
ATOM    325  CG  LYS   271       7.609  13.096  35.132 0.000 1.500
ATOM    326  CD  LYS   271       6.796  12.321  34.129 0.000 1.500
ATOM    327  CE  LYS   271       7.341  12.528  32.749 0.000 1.500
ATOM    328  NZ  LYS   271       6.459  11.830  31.834 0.000 1.400
ATOM    329  N   CYS   272       9.914  13.510  37.432 0.000 1.400
ATOM    330  CA  CYS   272      11.153  12.766  37.599 0.000 1.500
ATOM    331  C   CYS   272      11.912  13.134  38.868 0.000 1.500
ATOM    332  O   CYS   272      12.840  12.419  39.238 0.000 1.300
ATOM    333  CB  CYS   272      12.062  12.987  36.407 0.000 1.500
ATOM    334  SG  CYS   272      11.345  12.207  34.943 0.000 1.900
ATOM    335  N   ARG   273      11.564  14.228  39.531 0.000 1.400
ATOM    336  CA  ARG   273      12.240  14.624  40.743 0.000 1.500
ATOM    337  C   ARG   273      12.196  13.463  41.725 0.000 1.500
ATOM    338  O   ARG   273      13.260  13.045  42.162 0.000 1.300
ATOM    339  CB  ARG   273      11.552  15.850  41.325 0.000 1.500
ATOM    340  N   GLU   274      11.066  12.778  41.959 0.000 1.400
ATOM    341  CA  GLU   274      11.029  11.660  42.909 0.000 1.500
ATOM    342  C   GLU   274      11.882  10.443  42.520 0.000 1.500
ATOM    343  O   GLU   274      12.143   9.542  43.325 0.000 1.300
ATOM    344  CB  GLU   274       9.591  11.168  43.094 0.000 1.500
ATOM    345  N   LYS   275      12.309  10.422  41.260 0.000 1.400
ATOM    346  CA  LYS   275      13.055   9.333  40.700 0.000 1.500
ATOM    347  C   LYS   275      14.564   9.576  40.749 0.000 1.500
ATOM    348  O   LYS   275      15.342   8.690  40.390 0.000 1.300
ATOM    349  CB  LYS   275      12.604   9.159  39.281 0.000 1.500
ATOM    350  CG  LYS   275      11.148   8.815  38.986 0.000 1.500
ATOM    351  CD  LYS   275      11.011   8.995  37.465 0.000 1.500
ATOM    352  CE  LYS   275       9.616   8.754  36.889 0.000 1.500
ATOM    353  NZ  LYS   275       9.598   9.054  35.462 0.000 1.400
ATOM    354  N   VAL   276      15.031  10.753  41.136 0.000 1.400
ATOM    355  CA  VAL   276      16.451  11.057  41.122 0.000 1.500
ATOM    356  C   VAL   276      17.091  10.615  42.435 0.000 1.500
ATOM    357  O   VAL   276      16.449  10.643  43.485 0.000 1.300
ATOM    358  CB  VAL   276      16.586  12.590  40.871 0.000 1.500
ATOM    359  CG1 VAL   276      18.018  13.068  40.934 0.000 1.500
ATOM    360  CG2 VAL   276      16.152  12.880  39.455 0.000 1.500
ATOM    361  N   ALA   277      18.349  10.176  42.441 0.000 1.400
ATOM    362  CA  ALA   277      19.034   9.825  43.680 0.000 1.500
ATOM    363  C   ALA   277      19.295  11.081  44.456 0.000 1.500
ATOM    364  O   ALA   277      19.484  12.163  43.889 0.000 1.300
ATOM    365  CB  ALA   277      20.392   9.212  43.472 0.000 1.500
ATOM    366  N   ASN   278      19.352  10.947  45.767 0.000 1.400
ATOM    367  CA  ASN   278      19.533  12.140  46.550 0.000 1.500
ATOM    368  C   ASN   278      20.870  12.832  46.538 0.000 1.500
ATOM    369  O   ASN   278      20.932  14.052  46.775 0.000 1.300
ATOM    370  CB  ASN   278      19.163  11.847  47.970 0.000 1.500
ATOM    371  CG  ASN   278      17.707  12.228  48.030 0.000 1.500
ATOM    372  OD1 ASN   278      16.832  11.401  47.783 0.000 1.300
ATOM    373  ND2 ASN   278      17.399  13.498  48.266 0.000 1.400
ATOM    374  N   LEU   279      21.928  12.094  46.221 0.000 1.400
ATOM    375  CA  LEU   279      23.248  12.680  46.296 0.000 1.500
ATOM    376  C   LEU   279      23.533  13.640  45.168 0.000 1.500
ATOM    377  O   LEU   279      23.347  13.349  43.995 0.000 1.300
ATOM    378  CB  LEU   279      24.268  11.546  46.338 0.000 1.500
ATOM    379  CG  LEU   279      25.721  11.786  46.760 0.000 1.500
ATOM    380  CD1 LEU   279      25.819  12.780  47.906 0.000 1.500
ATOM    381  CD2 LEU   279      26.293  10.458  47.200 0.000 1.500
ATOM    382  N   CYS   280      23.894  14.841  45.583 0.000 1.400
ATOM    383  CA  CYS   280      24.283  15.936  44.734 0.000 1.500
ATOM    384  C   CYS   280      25.781  16.090  44.952 0.000 1.500
ATOM    385  O   CYS   280      26.221  16.276  46.084 0.000 1.300
ATOM    386  CB  CYS   280      23.567  17.187  45.167 0.000 1.500
ATOM    387  SG  CYS   280      23.903  18.679  44.211 0.000 1.900
ATOM    388  C1  PRB     3      10.006  23.859  22.583 0.000 1.500
ATOM    389  C2  PRB     3       9.089  22.889  22.944 0.000 1.500
ATOM    390  C3  PRB     3       8.773  23.057  24.276 0.000 1.500
ATOM    391  O3  PRB     3       7.906  22.393  24.869 0.000 1.300
ATOM    392  C4  PRB     3       9.456  24.274  24.872 0.000 1.500
ATOM    393  O4  PRB     3       8.414  25.238  25.031 0.000 1.300
ATOM    394  C5  PRB     3      10.134  23.934  26.222 0.000 1.500
ATOM    395  C6  PRB     3      11.376  24.688  26.598 0.000 1.500
ATOM    396  C7  PRB     3      11.695  25.936  26.067 0.000 1.500
ATOM    397  C8  PRB     3      10.824  26.691  25.082 0.000 1.500
ATOM    398  C9  PRB     3      10.821  26.183  23.597 0.000 1.500
ATOM    399  O9  PRB     3      12.128  26.253  23.040 0.000 1.300
ATOM    400  C10 PRB     3      10.544  24.583  23.796 0.000 1.500
ATOM    401  C11 PRB     3       9.795  27.092  22.796 0.000 1.500
ATOM    402  C12 PRB     3      10.330  28.536  22.726 0.000 1.500
ATOM    403  O12 PRB     3       9.289  29.473  22.462 0.000 1.300
ATOM    404  C13 PRB     3      11.024  29.055  24.004 0.000 1.500
ATOM    405  C14 PRB     3      11.195  28.204  25.304 0.000 1.500
ATOM    406  C15 PRB     3      10.431  29.462  25.395 0.000 1.500
ATOM    407  C16 PRB     3       8.968  29.179  25.814 0.000 1.500
ATOM    408  C17 PRB     3      11.008  30.670  26.154 0.000 1.500
ATOM    409  C18 PRB     3       9.460  26.699  21.364 0.000 1.500
ATOM    410  C19 PRB     3       8.520  21.842  22.024 0.000 1.500
ATOM    411  C20 PRB     3      12.272  24.147  27.625 0.000 1.500
ATOM    412  O20 PRB     3      12.543  22.751  27.509 0.000 1.300
ATOM    413  OA1 PRB     3      12.040  30.019  23.705 0.000 1.300
ATOM    414  CA1 PRB     3      13.110  29.782  22.769 0.000 1.500
ATOM    415  OA2 PRB     3      13.387  28.621  22.424 0.000 1.300
ATOM    416  CA2 PRB     3      13.899  30.940  22.171 0.000 1.500
ATOM    417  ZN  ZN     1      22.187  18.804  42.656 0.000 1.500
ATOM    418  ZN  ZN     2      12.105  13.302  33.098 0.000 1.500
 

_______________________________________________________________
    Dr. James C. Ianni, MSc., Ph.D.
    Department of Chemistry,
    University of Pennsylvania,  mailbox #254
    231 South 34th Street, Philadelphia, PA 19104, USA
    email: jianni@sas.upenn.edu;
    tel.: 001 215-573-4249 (lab)
          001 215-573-6741 (office)

-----Original Message-----
From: apbs-users-admin@lists.sourceforge.net [mailto:apbs-users-admin@lists.sourceforge.net]On Behalf Of Todd Dolinsky
Sent: Wednesday, January 18, 2006 1:51 PM
To: jianni@sas.upenn.edu
Cc: apbs-users@lists.sourceforge.net
Subject: Re: [Apbs-users] Bug in APBS version under VMD 1.8.4 windows version?

Hi James -

We've seen this error before, although we're still not sure what the exact cause is - it looks to be a VMD error.  I do have a couple of suggestions for you:

1.  Since it looks like you're running Windows, you might want to try just running APBS from the command line without VMD.

2.  Assuming that works, make sure that you're using a PQR file instead of a PDB file - while I believe that VMD can convert from one to the other, if we're trying to isolate the problem it'd be useful to start with a PQR file.  You can use pdb2pqr ( http://pdb2pqr.sourceforge.net) to do so.

3.  Copy your PQR file and the executable to C:/ (or a subdirectory without a space).  This might resolve conflicts that could arise from spaces in the file names, particularly when calling APBS. 

4.  First load your molecule into VMD, then open the APBS electrostatics pane, and edit the settings to point to the correct APBS location. You may also want to set the working directory to the same directory, as I don't think VMD can write to the /tmp directory in Windows.

Hopefully this works!  We've seen issues with spaces in the filenames with other Windows visualization programs, so that might be the key problem here.  I believe the VMD people are aware of this issue, so hopefully it will be resolved soon.

Please let me know how it goes!

Todd

On 1/18/06, James Ianni <jianni@sas.upenn.edu> wrote:

All,

  I get the following error while running  the
latest greatest APBS version under VMD 1.8.4 windows version:


Main console display active (Tcl8.4.1 / Tk8.4.1)
apbsrun: using VMD radii
apbsrun: using pqrplugin for /tmp/1PTR.pqr
apbsrun: error running C:/Program Files/APBS/apbs.exe
apbsrun: error occurred while running APBS:
  can't read "apbs_fd": no such variable
(George Orr) 1 %


Is there a fix for the current version of APBS or VMD
to correct this?

-James
_______________________________________________________________
    Dr. James C. Ianni, MSc., Ph.D.
    Department of Chemistry,
    University of Pennsylvania,  mailbox #254
    231 South 34th Street, Philadelphia, PA 19104, USA
    email: jianni@sas.upenn.edu;
    tel.: 001 215-573-4249 (lab)
          001 215-573-6741 (office)



-------------------------------------------------------
This SF.net email is sponsored by: Splunk Inc. Do you grep through log files
for problems?  Stop!  Download the new AJAX search engine that makes
searching your log files as easy as surfing the  web.  DOWNLOAD SPLUNK!
http://sel.as-us.falkag.net/sel?cmd=lnk&kid=103432&bid=230486&dat=121642
_______________________________________________
apbs-users mailing list
apbs-users@lists.sourceforge.net
https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/apbs-users